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菌群关联分析(16S rRNA测序)

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信息概要

菌群关联分析(16S rRNA测序)是一种基于高通量测序技术的微生物群落研究方法,通过对16S rRNA基因的特定可变区进行测序,实现对样本中细菌群落组成、多样性及功能的精准解析。该技术广泛应用于环境微生物、人体肠道菌群、口腔菌群、土壤微生物等领域的研究,为微生物生态学、医学、农业等学科提供重要数据支持。

检测的重要性在于,16S rRNA测序能够揭示微生物群落的物种分布、丰度差异以及潜在功能,帮助研究者了解微生物与宿主或环境的互作机制。例如,在医学领域,肠道菌群分析可用于疾病诊断、疗效评估及个性化治疗;在环境科学中,可监测污染物对微生物群落的影响。本检测服务由第三方机构提供,确保数据准确性和可靠性。

检测项目

  • Alpha多样性分析
  • Beta多样性分析
  • 物种组成分析
  • 群落结构差异分析
  • OTU聚类分析
  • ASV分析
  • LEfSe差异物种分析
  • PICRUSt功能预测
  • Tax4Fun功能注释
  • 微生物网络互作分析
  • 环境因子关联分析
  • 样本间相似性分析
  • 核心微生物组分析
  • 稀有物种分析
  • 优势物种分析
  • 菌群代谢通路预测
  • 时间序列分析
  • 空间分布分析
  • 宿主-菌群共进化分析
  • 病原菌筛查

检测范围

  • 人体肠道菌群
  • 口腔微生物组
  • 皮肤表面菌群
  • 呼吸道微生物组
  • 泌尿生殖道菌群
  • 土壤微生物群落
  • 水体微生物组
  • 沉积物微生物
  • 极端环境微生物
  • 发酵食品菌群
  • 工业微生物制剂
  • 农业微生物肥料
  • 植物根际微生物
  • 动物肠道菌群
  • 海洋微生物组
  • 空气微生物组
  • 食品污染微生物
  • 医药微生物制剂
  • 废弃物降解菌群
  • 生物膜微生物组

检测方法

  • DNA提取:采用试剂盒法或机械破碎法从样本中提取微生物基因组DNA
  • PCR扩增:使用特异性引物扩增16S rRNA基因目标区域
  • 文库构建:通过末端修复、加接头等步骤制备测序文库
  • Illumina测序:采用MiSeq或NovaSeq平台进行双端测序
  • 数据质控:通过FastQC等工具评估原始数据质量
  • 序列过滤:剔除低质量序列和嵌合体
  • OTU聚类:基于97%相似度阈值进行操作分类单元聚类
  • 物种注释:比对Silva或Greengenes数据库进行分类学鉴定
  • 多样性计算:使用QIIME2计算Alpha/Beta多样性指数
  • 差异分析:通过ANOSIM或PERMANOVA检验组间差异
  • 功能预测:应用PICRUSt2预测微生物代谢功能
  • 网络分析:使用Cytoscape构建微生物互作网络
  • 统计分析:R语言进行多元统计和可视化
  • 机器学习:应用随机森林等算法筛选特征菌群
  • 数据标准化:采用CSS或TMM方法校正测序深度差异

检测仪器

  • Illumina MiSeq测序仪
  • Illumina NovaSeq 6000
  • Nanodrop分光光度计
  • Qubit荧光定量仪
  • PCR扩增仪
  • 电泳仪
  • 凝胶成像系统
  • 生物分析仪
  • 离心机
  • 超低温冰箱
  • 超净工作台
  • 恒温培养箱
  • 振荡器
  • 超声波破碎仪
  • 真空浓缩仪

注意:因业务调整,暂不接受个人委托测试。

以上是关于菌群关联分析(16S rRNA测序)的相关介绍,如有其他疑问可以咨询在线工程师为您服务。

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