宏基因组测序检测

信息概要

宏基因组测序检测是一种基于环境样本中全部微生物基因组DNA的高通量测序技术，能够全面解析微生物群落结构、功能基因及代谢潜能。该检测广泛应用于环境监测、医学诊断、农业生态研究及工业微生物开发等领域。通过宏基因组测序，可揭示样本中未知微生物的多样性、病原微生物的分布以及微生物与宿主或环境的互作机制，为疾病防控、生态修复及资源开发提供关键数据支持。

检测项目

• 微生物群落物种组成分析
• 功能基因注释与分类
• 抗生素抗性基因检测
• 病原微生物筛查与溯源
• 病毒组多样性分析
• 代谢通路预测与富集分析
• 微生物与环境因子的关联分析
• 微生物基因组组装与分箱
• 水平基因转移事件检测
• 微生物群落α/β多样性分析
• 核心微生物组识别
• 微生物互作网络构建
• 环境适应性基因挖掘
• 噬菌体-宿主关系预测
• 微生物生态功能预测
• 耐药基因传播风险评估
• 新物种或新基因簇发现
• 微生物生物合成基因分析
• 微生物污染物降解潜能评估
• 宿主-微生物共进化研究

检测范围

• 土壤微生物组
• 水体微生物组
• 肠道微生物组
• 口腔微生物组
• 发酵食品微生物组
• 空气微生物组
• 极端环境微生物组
• 植物根系微生物组
• 工业废水微生物组
• 海洋沉积物微生物组
• 生物膜微生物组
• 医疗环境微生物组
• 动物粪便微生物组
• 皮肤表面微生物组
• 油气田微生物组
• 堆肥微生物组
• 病原微生物污染样本
• 古菌群落分析
• 真菌群落分析
• 原核生物群落分析

检测方法

• Shotgun测序技术：通过随机打断DNA片段进行高通量测序，覆盖全基因组范围
• 16S/18S rRNA基因测序：针对细菌或真菌的保守区域进行扩增子测序
• ITS区域测序：特异性分析真菌群落多样性
• 宏转录组测序：研究微生物群落的活性基因表达
• 单分子实时测序（SMRT）：用于长片段测序和复杂区域解析
• 纳米孔测序技术：实现实时测序和超长读长分析
• 宏基因组拼接：将短序列组装成连续基因组序列
• 生物信息学注释：使用KEGG、COG等数据库进行功能注释
• 机器学习分类：利用AI算法进行物种和功能预测
• qPCR定量验证：对关键基因进行绝对定量分析
• 代谢网络建模：整合基因组数据构建代谢通路模型
• 宏基因组关联分析（MWAS）：揭示微生物特征与表型的相关性
• 病毒颗粒富集法：通过过滤离心分离病毒基因组
• DNA甲基化分析：检测微生物表观遗传修饰特征
• 细胞分选技术：结合流式细胞术进行特定微生物分离

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• PacBio Sequel II
• Oxford Nanopore GridION
• Thermo Fisher Ion GeneStudio S5
• Qubit荧光定量仪
• Agilent 4200 TapeStation
• Covaris破碎仪
• Beckman Coulter超速离心机
• Bio-Rad PCR仪
• Nanodrop分光光度计
• Illumina MiSeq
• Qiagen核酸提取项目合作单位
• BD FACSAria流式细胞仪
• ABI QuantStudio实时定量PCR仪
• Eppendorf生物反应器

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