细胞ATAC-seq检测

信息概要

细胞ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）是一种用于检测染色质开放区域的高通量测序技术，通过Tn5转座酶特异性切割开放染色质区域并结合二代测序，揭示基因组调控元件的分布特征。该检测对研究表观遗传调控、细胞分化机制、疾病相关变异及基因表达调控网络具有重要意义，可为疾病诊断、药物靶点筛选和基础科研提供关键数据支持。

检测项目

• 染色质开放区域全基因组定位
• 开放染色质区域长度分布分析
• 染色质可及性定量分析
• peak calling及注释
• 转录因子结合motif预测
• 差异开放区域（DARs）分析
• 启动子/增强子区域富集分析
• 核小体占据模式分析
• 与RNA-seq联合分析
• 染色质状态动态比较
• 细胞类型特异性开放区域识别
• 超级增强子鉴定
• 顺式调控元件互作预测
• 表观遗传时钟相关分析
• 进化保守性区域分析
• 单细胞ATAC-seq数据整合
• SNP位点染色质可及性评估
• 三维基因组结构关联分析
• 功能元件GO/KEGG富集
• 动态轨迹拟时序分析

检测范围

• 原代细胞系
• 肿瘤细胞系
• 干细胞系
• 免疫细胞亚群
• 脑组织样本
• 心脏组织样本
• 癌症组织样本
• 胚胎发育样本
• 器官类器官模型
• 基因编辑细胞模型
• 药物处理样本
• 感染病理模型
• 神经退行性疾病模型
• 心血管疾病模型
• 代谢性疾病模型
• 植物细胞样本
• 模式动物组织
• 临床FFPE样本
• 冷冻保存样本
• 单细胞悬液样本

检测方法

• 细胞核提取与纯化（机械/化学裂解法）
• Tn5转座酶复合体切割（转座反应优化）
• 文库构建（末端修复/A尾添加）
• Illumina平台双端测序
• 原始数据质控（FastQC分析）
• 序列比对（Bowtie2/BWA算法）
• 重复序列标记（Picard工具）
• peak calling（MACS2/HMMRATAC）
• 注释分析（ChIPseeker软件）
• motif富集分析（HOMER/MEME）
• 差异分析（DESeq2/edgeR）
• 核小体定位（NucleoATAC算法）
• 轨迹分析（Monocle3）
• 多组学整合（CistromeDB）
• 可视化分析（IGV/UCSC基因组浏览器）

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• Agilent 2100生物分析仪
• Qubit荧光定量仪
• Nanodrop分光光度计
• Covaris超声破碎仪
• Thermo离心机
• PCR仪（Applied Biosystems）
• 磁珠纯化系统（Beckman）
• 细胞计数仪（Countess II）
• 低温超速离心机（Beckman）
• 生物安全柜（ESCO）
• 恒温振荡培养箱
• 荧光显微镜（Nikon）
• 微量分光光度计（Implen）
• 自动化移液项目合作单位（Hamilton）

了解中析

实验室仪器

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