细胞ChIP-seq检测
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信息概要
细胞ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)检测是一种用于研究蛋白质与DNA相互作用的高通量技术,广泛应用于表观遗传学、转录调控和疾病机制探索等领域。该检测通过特异性抗体富集目标蛋白结合的DNA片段,结合高通量测序技术,准确定位蛋白结合的基因组区域。其检测结果可为基因表达调控网络、疾病相关信号通路及药物靶点筛选提供关键数据支持。第三方检测机构通过标准化流程、数据分析及质量控制体系,确保检测结果的高可靠性和可重复性,满足科研与临床研究的多样化需求。
检测项目
- 抗体特异性验证
- DNA片段化效率分析
- 免疫沉淀DNA浓度测定
- DNA文库质量评估
- 测序数据比对率统计
- 峰值(Peak)检测与注释
- 结合位点motif分析
- 差异结合区域(DBR)筛选
- 组蛋白修饰水平定量
- 转录因子结合位点富集分析
- 基因组区域功能注释(如启动子、增强子)
- 样本间相关性分析
- 信号噪声比(SNR)计算
- 重复性检验(如Pearson相关系数)
- GO/KEGG通路富集分析
- 染色质开放区域(ATAC-seq联合分析)
- 单样本或多样本整合分析
- 动态结合位点时间序列分析
- 三维基因组互作关联分析
- 自定义区域靶向深度测序验证
检测范围
- 人类细胞系(如HEK293、HeLa)
- 小鼠原代细胞(如肝细胞、神经元)
- 干细胞(胚胎干细胞、iPSC)
- 肿瘤细胞系(如A549、MCF-7)
- 免疫细胞(T细胞、巨噬细胞)
- 植物细胞(拟南芥、水稻)
- 原核生物细胞样本
- 病原体感染宿主细胞模型
- 器官类器官培养细胞
- 基因编辑细胞(CRISPR/Cas9修饰)
- 药物处理或应激诱导细胞
- 发育阶段时序性样本
- 表观遗传突变细胞模型
- 跨物种比较分析样本
- 单细胞水平ChIP-seq样本
- FFPE固定组织来源细胞
- 循环肿瘤细胞(CTC)
- 微生物共培养细胞系统
- 空间转录组关联样本
- 多组学整合分析配套样本
检测方法
- 甲醛交联法(固定蛋白-DNA复合物)
- 超声碎裂法(染色质随机片段化)
- MNase消化法(核小体定位优化)
- 抗体特异性验证(WB/ELISA平行实验)
- 磁珠法DNA纯化(去除杂质)
- 末端修复与接头连接(文库构建核心步骤)
- PCR扩增富集(提高文库多样性)
- Agilent Bioanalyzer质检(片段分布分析)
- Illumina平台双端测序(高精度数据产出)
- ChIP-qPCR验证(关键位点定量确认)
- 交叉关联分析(评估片段化质量)
- IDR一致性分析(重复样本可靠性检验)
- MEME-ChIP(motif发现与富集)
- GREAT工具(功能注释与通路映射)
- CISTROME系列分析(多维度数据整合)
检测仪器
- 超声破碎仪(Covaris)
- 高速冷冻离心机
- 磁力架分离系统
- 实时定量PCR仪
- Agilent 2100 Bioanalyzer
- Illumina NovaSeq 6000
- Nanodrop分光光度计
- Qubit荧光定量仪
- PCR扩增仪
- 恒温金属浴
- 自动化液体处理项目合作单位
- 低温高速离心机
- 凝胶成像系统
- 高通量测序文库制备系统
- 超低温冰箱(-80℃)
了解中析