CRISPR编辑核型稳定性长读长测序

信息概要

CRISPR编辑核型稳定性长读长测序是一种基于第三代测序技术的高通量分析方法，专注于评估CRISPR基因编辑后细胞或生物体的核型稳定性。该技术通过长读长测序能够更全面地检测基因组结构变异、染色体易位、大片段插入/缺失等编辑相关事件，为基因编辑的安全性和有效性提供关键数据支持。

检测的重要性体现在：1）验证CRISPR编辑的精准性，避免脱靶效应导致的基因组不稳定；2）评估编辑后细胞的遗传稳定性，确保后续研究或应用的可靠性；3）满足监管机构对基因编辑产品的安全性评估要求；4）为临床前研究提供全面的基因组水平数据。

本检测服务涵盖全基因组范围的核型分析，可检测单核苷酸变异到染色体水平的结构变异，适用于基础研究、药物开发及临床前安全评估等多个领域。

检测项目

• 全基因组结构变异检测
• 染色体易位事件分析
• 大片段插入/缺失检测
• 拷贝数变异分析
• 基因融合事件鉴定
• 编辑位点附近序列完整性评估
• 脱靶效应全基因组筛查
• 染色体断裂点定位
• 端粒完整性检测
• 着丝粒稳定性分析
• 基因组重排事件检测
• 转座子激活状态评估
• 微卫星不稳定性分析
• 核型复杂度评分
• 编辑效率定量分析
• 嵌合体水平检测
• 多倍体化事件筛查
• 环状DNA分子检测
• 基因组组装质量评估
• 同源重组修复事件分析

检测范围

• CRISPR-Cas9编辑细胞系
• CRISPR-Cas12编辑生物样本
• 碱基编辑细胞模型
• Prime编辑样本
• 基因敲除动物模型
• 基因敲入干细胞系
• 条件性基因编辑组织
• 多重基因编辑样本
• 人类基因治疗产品
• 农业基因编辑作物
• 工业微生物编辑菌株
• 基因驱动系统样本
• 表观基因组编辑样本
• 染色体工程产品
• 合成生物学构建体
• 基因回路编辑样本
• 器官移植用基因编辑细胞
• 基因编辑肿瘤模型
• 基因编辑干细胞治疗产品
• 基因编辑疫苗候选株

检测方法

• PacBio HiFi测序：高精度长读长测序技术，可准确检测结构变异
• Oxford Nanopore测序：超长读长技术，适合大片段变异分析
• 全基因组组装：基于长读长的从头组装方法
• 结构变异调用算法：集成多种生物信息学工具进行变异检测
• 比较基因组杂交：评估拷贝数变异
• 荧光原位杂交：验证特定染色体异常
• 核型分析：传统染色体形态学评估
• 连锁分析：追踪编辑位点的遗传稳定性
• 单细胞测序：检测编辑细胞的异质性
• 表观遗传分析：评估编辑对染色质状态的影响
• 转录组测序：检测基因编辑导致的异常转录本
• 三维基因组分析：评估染色质空间结构变化
• 端粒长度测定：分析染色体末端稳定性
• 微流体PCR：高灵敏度检测低频变异
• 数字PCR：准确量化编辑效率

检测仪器

• PacBio Sequel IIe系统
• Oxford Nanopore PromethION
• Illumina NovaSeq 6000
• Bionano Saphyr系统
• 10x Genomics Chromium
• Nanopore GridION
• Thermo Fisher QuantStudio
• Bio-Rad QX200微滴式数字PCR系统
• Agilent 2100生物分析仪
• Applied Biosystems 3500遗传分析仪
• Zeiss Axio Imager显微镜系统
• PerkinElmer Operetta CLS高内涵成像系统
• Beckman Coulter CytoFLEX流式细胞仪
• Thermo Fisher EVOS细胞成像系统
• Nanopore MinION

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