染色体构象捕获实验

信息概要

染色体构象捕获实验是一种用于研究基因组三维结构的高通量技术，通过捕获染色体内或染色体间的相互作用，揭示基因调控、染色质折叠和疾病相关变异等重要生物学信息。该技术广泛应用于基础研究、疾病机制探索和药物开发等领域。

检测的重要性在于，染色体构象数据能够帮助科学家理解基因表达的时空调控、染色质动态变化与疾病（如癌症、遗传病）的关联，并为精准医学提供分子层面的依据。本机构提供的检测服务涵盖实验设计、数据生成和生物信息学分析全流程，确保结果的准确性和可重复性。

检测项目

• 染色质相互作用频率分析
• 拓扑关联域（TAD）边界鉴定
• 增强子-启动子相互作用检测
• 染色体环（Chromatin Loop）识别
• 三维基因组重构
• 染色质区室（A/B Compartment）划分
• 单倍型特异性互作分析
• 疾病相关变异的三维定位
• 转录因子结合位点互作网络
• 长非编码RNA的染色质关联
• 核仁组织区（NOR）相互作用
• 端粒和着丝粒构象分析
• 多组学数据整合分析
• 动态构象变化追踪
• 跨物种保守性比较
• 表观修饰与构象关联研究
• 细胞类型特异性互作图谱
• 发育阶段特异性构象比较
• 病毒整合位点互作检测
• 结构变异对构象的影响评估

检测范围

• Hi-C（全基因组构象捕获）
• Capture Hi-C（靶向构象捕获）
• Micro-C（高分辨率构象捕获）
• ChIA-PET（染色质互作分析）
• HiChIP（蛋白中心构象捕获）
• 4C（环状构象捕获）
• 5C（多连接构象捕获）
• DNase Hi-C（开放染色质构象）
• Single-cell Hi-C（单细胞构象）
• Split-pool Hi-C（高通量构象）
• Hi-C with CRISPR（基因编辑关联构象）
• Tethered Chromatin Capture（固定位点构象）
• NG Capture-C（新一代靶向捕获）
• Oligopaint FISH-HiC（成像结合构象）
• DamID-HiC（甲基化关联构象）
• ATAC-HiC（可及性关联构象）
• RNA-DNA Hi-C（转录本关联构象）
• Multi-contact Hi-C（多互作构象）
• Time-course Hi-C（时序构象）
• Cross-species Hi-C（跨物种构象）

检测方法

• 甲醛交联法：固定染色质空间结构
• 限制性内切酶消化：片段化基因组DNA
• 生物素标记：标记互作片段末端
• 连接酶介导环化：捕获空间邻近片段
• 超声破碎：随机打断染色质
• 链霉亲和素富集：分离互作DNA片段
• 高通量测序：获取互作序列信息
• 光学图谱验证：辅助组装和纠错
• 单细胞分选：分离单个细胞核
• 原位杂交辅助：定位特定基因组区域
• 多重PCR扩增：靶向区域富集
• 液相捕获：特异性探针杂交
• 分子条形码标记：追踪样本来源
• 冷冻电镜辅助：验证高阶结构
• 机器学习建模：预测低覆盖区域

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• Thermo Fisher Ion S5 XL
• Oxford Nanopore PromethION
• PacBio Sequel II
• Bio-Rad S3e Cell Sorter
• Covaris M220超声破碎仪
• Beckman Coulter Biomek i7
• Agilent 4200 TapeStation
• Qubit 4.0 Fluorometer
• Nanodrop One
• Bioruptor Pico超声仪
• 10x Genomics Chromium
• BD FACSAria III
• MiSeq FGx
• QuantStudio 7 Pro

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