基因编辑脱靶效应预测测试

信息概要

基因编辑脱靶效应预测测试是一种通过生物信息学和高通量测序技术，评估基因编辑工具（如CRISPR-Cas9）在目标区域外可能产生的非特异性编辑的检测服务。该测试对于确保基因编辑的安全性和准确性至关重要，尤其在基因治疗、农业育种和基础研究中具有广泛应用价值。通过预测脱靶效应，可以优化编辑工具的设计，降低实验风险，提高研究成果的可靠性。

检测项目

• 目标区域编辑效率分析
• 潜在脱靶位点预测
• 全基因组脱靶扫描
• 脱靶位点验证测序
• 编辑工具特异性评估
• 同源重组频率检测
• 非同源末端连接分析
• 插入缺失突变检测
• 单核苷酸变异分析
• 多靶点交叉效应评估
• 脱靶位点功能影响预测
• 编辑工具活性检测
• 脱靶位点甲基化状态分析
• 染色质可及性评估
• 脱靶效应与细胞毒性关联分析
• 脱靶位点转录组影响评估
• 编辑工具稳定性测试
• 脱靶效应动态变化监测
• 脱靶位点表观遗传修饰分析
• 编辑工具脱靶率统计

检测范围

• CRISPR-Cas9系统
• CRISPR-Cas12系统
• CRISPR-Cas13系统
• TALEN基因编辑工具
• 锌指核酸酶（ZFN）
• 碱基编辑工具
• Prime Editing系统
• RNA编辑工具
• 线粒体基因编辑系统
• 植物基因编辑载体
• 动物基因编辑载体
• 微生物基因编辑工具
• 高通量基因编辑文库
• 多重基因编辑系统
• 条件性基因编辑工具
• 组织特异性编辑系统
• 诱导型基因编辑工具
• 自杀基因编辑系统
• 表观遗传编辑工具
• 合成生物学基因编辑组件

检测方法

• 全基因组测序（WGS）：通过高通量测序全面检测基因组范围内的编辑事件
• 靶向测序：针对预测脱靶位点进行深度测序验证
• GUIDE-seq：通过捕获双链断裂位点鉴定脱靶效应
• CIRCLE-seq：体外检测编辑工具的全基因组脱靶活性
• Digenome-seq：基于基因组DNA切割的脱靶位点鉴定
• BLESS：直接检测细胞内的DNA双链断裂位点
• HTGTS：高通量基因组易位测序检测脱靶效应
• 计算机预测算法：基于序列相似性预测潜在脱靶位点
• 单细胞测序：在单细胞水平分析编辑异质性和脱靶效应
• ChIP-seq：检测编辑工具与DNA的非特异性结合
• RNA-seq：评估基因编辑对转录组的脱靶影响
• 甲基化测序：分析脱靶位点的表观遗传变化
• 核型分析：检测基因编辑导致的染色体异常
• 流式细胞术：评估编辑细胞的存活率和表型变化
• 数字PCR：准确定量特定脱靶位点的编辑频率

检测仪器

• Illumina NovaSeq测序仪
• Illumina HiSeq测序仪
• Illumina MiSeq测序仪
• PacBio Sequel系统
• Oxford Nanopore测序仪
• Bio-Rad QX200微滴式数字PCR系统
• Thermo Fisher QuantStudio实时PCR系统
• Agilent 4200 TapeStation系统
• BioAnalyzer 2100
• Nanodrop分光光度计
• Qubit荧光定量仪
• Covaris超声破碎仪
• Beckman Coulter流式细胞仪
• Thermo Fisher离心机
• Eppendorf PCR仪

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