植物全基因组关联分析检测

信息概要

植物全基因组关联分析（GWAS）是通过高通量测序和生物信息学技术，解析植物表型与基因型关联性的核心方法。该检测服务可帮助科研机构或育种企业快速定位影响目标性状的关键基因位点，为分子标记辅助育种和功能基因研究提供数据支持。检测的重要性在于通过大规模样本分析，揭示复杂性状的遗传机制，加速抗逆、高产、优质植物新品种的选育进程。

检测项目

• 全基因组SNP标记检测
• InDel变异分析
• 表型性状关联分析
• 群体结构解析
• 连锁不平衡分析
• 单倍型区块划分
• 基因型-环境互作效应评估
• 数量性状位点（QTL）定位
• 结构变异（SV）检测
• 拷贝数变异（CNV）分析
• 选择性清除分析
• 基因表达量关联分析
• 表观基因组关联分析
• 代谢组-基因组联合分析
• 病原抗性基因筛选
• 非生物胁迫响应基因挖掘
• 光合作用相关基因鉴定
• 次生代谢通路基因识别
• 驯化选择信号检测
• 多组学数据整合分析

检测范围

• 禾本科作物（水稻/小麦/玉米）
• 豆科植物（大豆/豌豆）
• 茄科作物（番茄/马铃薯）
• 十字花科蔬菜（白菜/甘蓝）
• 蔷薇科果树（苹果/梨）
• 锦葵科经济作物（棉花）
• 油料作物（油菜/花生）
• 药用植物（人参/灵芝）
• 林木资源（杨树/桉树）
• 观赏植物（玫瑰/兰花）
• 能源植物（柳枝稷）
• 野生近缘种材料
• 突变体库资源
• 地方品种种质资源
• 杂交群体分离材料
• 不同发育阶段组织样本
• 逆境胁迫处理样本
• 转基因编辑材料
• 多倍体植物材料
• 古植物化石DNA样本

检测方法

• 全基因组重测序（WGRS）：基于Illumina平台进行深度测序
• 简化基因组测序（GBS）：酶切建库降低复杂度
• SNP芯片分型：定制化芯片高通量检测
• 长读长测序（PacBio/Nanopore）：解析复杂结构变异
• 关联分析模型（MLM）：混合线性模型校正假阳性
• 主成分分析（PCA）：消除群体分层影响
• 连锁不平衡衰减分析：评估基因组重组特征
• 曼哈顿图可视化：全基因组显著性位点展示
• 基因注释（GO/KEGG）：功能富集分析
• 单倍型网络构建：追溯等位基因演化路径
• 选择清除分析（π/Fst）：检测人工选择区域
• eGWAS分析：整合RNA-seq数据
• 孟德尔随机化：验证因果关联
• 多性状联合分析（MTAG）：提高统计效力
• 机器学习预测：随机森林模型筛选特征位点

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000测序仪
• PacBio Sequel IIe系统
• Oxford Nanopore PromethION
• Affymetrix基因芯片扫描仪
• ABI 3500xl遗传分析仪
• Agilent 4200 TapeStation
• Qubit 4.0荧光定量仪
• Covaris M220超声破碎仪
• BioRad CFX96实时定量PCR仪
• Thermo Orbitrap Fusion质谱仪
• Beckman Coulter Biomek自动化项目合作单位
• Illumina HiScanSQ芯片系统
• Nanodrop One超微量分光光度计
• Eppendorf PCR仪
• IBM Power9计算服务器集群

了解中析

实验室仪器

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