病原体脉冲场凝胶电泳测试

信息概要

• 病原体脉冲场凝胶电泳测试是一种分子分型技术，用于分析病原体的基因组DNA，通过脉冲电场分离大片段DNA，提供高分辨率分型数据。
• 该测试在疾病爆发调查、病原体溯源和感染控制中至关重要，能帮助识别感染源、追踪传播路径和支持公共卫生决策。
• 我们的检测服务确保准确性、可靠性和快速响应，包括标准化操作、详细报告和数据库比较，以助力疫情管理和临床干预。

检测项目

• DNA提取质量评估
• DNA纯度检测
• 限制性内切酶消化效率
• 酶切时间优化
• 酶切温度控制
• 凝胶浓度选择
• 电场强度设置
• 脉冲时间调整
• 电泳运行时间监控
• 迁移率分析
• 带分辨率评估
• 带型捕获和成像
• 片段大小测定
• 分子量标准匹配
• 相似性指数计算（如Dice系数）
• Jaccard指数计算
• 遗传距离分析
• 聚类分析执行
• 树状图构建
• 主坐标分析
• 多维度标度分析
• 模式可重复性测试
• 菌株鉴别确认
• 亚型分型分类
• outbreaks关联分析
• 时间序列分析
• 地理分布映射
• 耐药表型关联评估
• 毒力因子关联分析
• 质量控制标准验证
• 报告生成和审核

检测范围

• 大肠杆菌（Escherichia coli）
• 沙门氏菌（Salmonella）
• 志贺氏菌（Shigella）
• 李斯特菌（Listeria）
• 金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）
• 肺炎链球菌（Streptococcus pneumoniae）
• 结核分支杆菌（Mycobacterium tuberculosis）
• 弯曲菌（Campylobacter）
• 弧菌（Vibrio）
• 耶尔森菌（Yersinia）
• 肠球菌（Enterococcus）
• 克雷伯菌（Klebsiella）
• 假单胞菌（Pseudomonas）
• 不动杆菌（Acinetobacter）
• 嗜血杆菌（Haemophilus）
• 奈瑟菌（Neisseria）
• 军团菌（Legionella）
• 梭菌（Clostridium）
• 芽孢杆菌（Bacillus）
• 支原体（Mycoplasma）
• 衣原体（Chlamydia）
• 立克次体（Rickettsia）
• 肠杆菌科其他成员
• 葡萄球菌其他种
• 链球菌其他种
• 分支杆菌其他种
• 厌氧菌种类
• 真菌相关病原体
• 寄生虫相关种类
• 病毒辅助分型（如细菌病毒）

检测方法

• DNA提取方法：使用试剂盒或酚氯法从病原体样本中提取高质量基因组DNA。
• 细胞包埋技术：将细胞包埋在低熔点琼脂糖栓中以防止DNA剪切。
• 细胞裂解程序：在栓中进行化学或酶促裂解释放DNA。
• 限制性内切酶消化：应用特定内切酶（如XbaI）切割DNA at recognition sites。
• 琼脂糖凝胶制备：制备适当浓度的凝胶用于电泳分离。
• 脉冲场电泳运行：设置交替电场参数以分离大片段DNA。
• 电泳缓冲液管理：使用和更换TAE或TBE缓冲液以确保最佳 conductivity。
• 凝胶染色过程：应用溴化乙锭或SYBR染料进行DNA可视化。
• 图像捕获方法：使用紫外透射仪和相机系统拍摄凝胶图像。
• 带型分析软件：利用BioNumerics等软件进行带型比较和匹配。
• 相似性计算算法：计算菌株间的相似系数用于分型。
• 聚类分析方法：执行 hierarchical clustering 构建系统发育树。
• 质量控制协议：运行标准菌株和对照以确保结果可靠性。
• 数据解释流程：比较国际数据库（如PulseNet）中的模式。
• 报告生成标准：编写详细检测报告包括分型结果和建议。
• 优化策略：针对不同病原体调整电泳条件和酶切参数。
• 分子量标准应用：使用lambda ladder或其他标准进行片段大小校准。
• 温度控制措施：维持电泳和酶切过程中的恒定温度。
• 多酶切 approach：应用多种内切酶以提高分型分辨率。
• 验证技术：与MLST或全基因组测序结果进行对比验证。

检测仪器

• 脉冲场电泳仪
• 电泳槽
• 电源供应器
• 凝胶成像系统
• 紫外透射仪
• CCD相机
• 离心机
• 水浴锅
• 孵育器
• 分光光度计
• 微波炉
• 电子天平
• pH计
• 移液器
• 冰箱
• 计算机系统
• 振荡器
• 紫外防护设备