植物环状RNA检测

信息概要

植物环状RNA检测是通过高通量测序和生物信息学分析技术，对植物样本中的环状RNA分子进行识别、定量及功能研究的服务。该检测有助于揭示环状RNA在植物生长发育、逆境响应及基因调控中的关键作用，为农业育种、抗病机制研究及分子标记开发提供科学依据。其重要性在于弥补传统线性RNA研究的局限性，推动植物非编码RNA领域的深入探索。

检测项目

• 环状RNA表达量分析
• 环状RNA全长序列验证
• 差异表达环状RNA筛选
• 环状RNA与miRNA结合位点预测
• 环状RNA来源基因功能注释
• 保守性环状RNA鉴定
• 组织特异性环状RNA分析
• 环状RNA可变剪接事件检测
• 环状RNA与亲本基因表达相关性分析
• 环状RNA翻译潜能评估
• 环状RNA甲基化修饰检测
• 环状RNA与蛋白质互作预测
• 跨物种环状RNA同源性比对
• 环状RNA动态表达模式研究
• 环状RNA功能富集分析
• 环状RNA调控网络构建
• 环状RNA稳定性检测
• 环状RNA亚细胞定位分析
• 宿主基因与环状RNA共表达分析
• 环状RNA作为分子标记的可行性评估

检测范围

• 水稻
• 小麦
• 玉米
• 大豆
• 番茄
• 拟南芥
• 棉花
• 马铃薯
• 油菜
• 柑橘
• 苹果
• 杨树
• 烟草
• 甘蔗
• 香蕉
• 茶树
• 辣椒
• 黄瓜
• 葡萄
• 兰花

检测方法

• RNA测序（RNA-seq）——高通量检测环状RNA表达谱
• qRT-PCR——靶向定量验证环状RNA表达水平
• Northern Blot——特异性检测环状RNA分子
• 核糖体印记测序（Ribo-seq）——分析环状RNA翻译活性
• CircRNA微阵列——快速筛查差异表达环状RNA
• Sanger测序——验证环状RNA连接位点
• 纳米孔测序——长读长解析环状RNA全长结构
• 荧光原位杂交（FISH）——空间定位环状RNA分布
• CLIP-seq——研究环状RNA与蛋白互作关系
• 甲基化特异性PCR——检测环状RNA表观修饰
• RNApull-down——捕获环状RNA结合分子
• 生物信息学预测——基于算法识别候选环状RNA
• 亚细胞分离测序——分析环状RNA细胞器分布
• 降解组测序——验证环状RNA的miRNA海绵功能
• 单细胞测序——解析环状RNA细胞异质性

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000测序仪
• Nanopore GridION测序系统
• ABI QuantStudio实时荧光定量PCR仪
• Agilent 2100生物分析仪
• Bio-Rad ChemiDoc成像系统
• Thermo Fisher NanoDrop分光光度计
• Beckman Coulter超速离心机
• Leica激光共聚焦显微镜
• Affymetrix基因芯片扫描仪
• Illumina HiSeq X Ten测序平台
• Qiagen QIAcube核酸提取项目合作单位
• Eppendorf Mastercycler梯度PCR仪
• Applied Biosystems 3500遗传分析仪
• Beckman Biomek液体处理项目合作单位
• Olympus BX53荧光显微镜