植物转录组测序检测

信息概要

植物转录组测序检测是通过高通量测序技术对植物基因表达进行全面分析的服务项目。该检测能够揭示植物在不同生长阶段、环境条件或处理条件下的基因表达差异，为功能基因组学、分子育种、抗逆机制研究等提供关键数据支撑。通过第三方检测机构的服务，可确保数据的准确性、可靠性和可重复性，助力科研与产业应用的推进。

检测项目

• 基因表达定量分析
• 差异表达基因筛选
• 可变剪接事件检测
• 长链非编码RNA鉴定
• 新转录本预测与注释
• 基因融合事件分析
• SNP与InDel变异检测
• 功能富集分析（GO/KEGG）
• 共表达网络构建
• 转录因子家族分析
• miRNA与靶基因互作预测
• 选择性多聚腺苷酸化分析
• 转录组与代谢组联合分析
• 基因结构优化验证
• 样本间表达模式聚类
• 时间序列动态表达分析
• 逆境响应相关基因挖掘
• 基因可变启动子检测
• RNA编辑事件识别
• 转录组数据重复性评估

检测范围

• 粮食作物（水稻、小麦、玉米等）
• 经济作物（棉花、大豆、油菜等）
• 林木类（松树、杨树、桉树等）
• 果树类（苹果、柑橘、葡萄等）
• 蔬菜类（番茄、黄瓜、辣椒等）
• 花卉类（玫瑰、兰花、菊花等）
• 药用植物（人参、黄芪、灵芝等）
• 藻类与苔藓植物
• 珍稀濒危保护植物
• 模式植物（拟南芥、烟草等）
• 园艺观赏植物
• 荒漠与盐生植物
• 转基因改良植物
• 野生近缘种植物
• 多倍体植物
• C3/C4/CAM光合类型植物
• 抗逆性研究植物
• 能源植物（柳枝稷、芒草等）
• 水生植物（莲、芦苇等）
• 共生体系植物（如菌根共生植物）

检测方法

• RNA提取与质控（采用磁珠法或柱式法）
• mRNA富集（oligo dT磁珠捕获）
• rRNA去除（针对核糖体RNA的探针杂交）
• 文库构建（片段化、末端修复、接头连接）
• Illumina高通量测序（双端150bp读长）
• PacBio SMRT长读长测序
• Nanopore直接RNA测序
• qRT-PCR验证（差异基因表达确认）
• 参考基因组比对（HISAT2/STAR）
• 转录本组装（StringTie/Cufflinks）
• 表达量计算（FPKM/TPM标准化）
• 差异分析（DESeq2/EdgeR）
• 可变剪接检测（rMATS/SUPPA2）
• 功能注释（基于NR/SwissProt数据库）
• 可视化分析（R语言ggplot2绘图）

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• PacBio Sequel IIe
• Oxford Nanopore GridION
• Agilent 2100 Bioanalyzer
• Qubit 4.0荧光计
• Nanodrop分光光度计
• Thermal Cycler PCR仪
• Covaris超声破碎仪
• Beckman Coulter超速离心机
• MiSeq测序仪（验证性测序）
• QuantStudio实时荧光定量PCR系统
• Fragment Analyzer毛细管电泳仪
• Illumina HiSeq X Ten
• Bio-Rad电泳系统
• Labconco超净工作台

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