ATAC-seq开放染色质测试

信息概要

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）是一种用于检测开放染色质的高通量测序技术。该技术通过转座酶Tn5优先切割开放染色质区域并结合高通量测序，能够快速、地绘制全基因组范围内的染色质可及性图谱。ATAC-seq技术在表观遗传学、基因调控、细胞分化及疾病机制研究中具有重要应用价值。

检测开放染色质状态对于理解基因表达调控、识别转录因子结合位点以及研究疾病相关的表观遗传变异至关重要。通过ATAC-seq技术，研究人员能够获得高分辨率的染色质开放区域信息，为后续的功能基因组学研究提供关键数据支持。

检测项目

• 全基因组染色质可及性分析
• 转录因子结合位点预测
• 差异开放区域（DARs）分析
• 核小体定位分析
• 启动子区域开放状态检测
• 增强子区域开放状态检测
• 染色质状态分类
• 基因调控元件注释
• 细胞类型特异性开放区域鉴定
• 疾病相关变异位点筛选
• 表观遗传修饰关联分析
• 染色质环结构预测
• 单细胞ATAC-seq数据分析
• 多组学数据整合分析
• 进化保守性区域分析
• 样本间一致性评估
• 数据质量控制与过滤
• 峰值注释与功能富集分析
• 可变剪切事件关联分析
• 样本聚类与降维可视化

检测范围

• 人类全基因组染色质可及性
• 小鼠全基因组染色质可及性
• 大鼠全基因组染色质可及性
• 斑马鱼全基因组染色质可及性
• 果蝇全基因组染色质可及性
• 线虫全基因组染色质可及性
• 酵母全基因组染色质可及性
• 植物全基因组染色质可及性
• 原代细胞染色质可及性
• 细胞系染色质可及性
• 肿瘤组织染色质可及性
• 正常组织染色质可及性
• 胚胎发育不同阶段染色质可及性
• 干细胞分化过程染色质可及性
• 免疫细胞染色质可及性
• 神经细胞染色质可及性
• 心血管系统染色质可及性
• 消化系统染色质可及性
• 呼吸系统染色质可及性
• 内分泌系统染色质可及性

检测方法

• 转座酶Tn5切割法：利用Tn5转座酶特异性切割开放染色质区域
• 文库构建：通过PCR扩增构建测序文库
• 高通量测序：使用Illumina平台进行双端测序
• 数据质量控制：FastQC进行原始数据质量评估
• 序列比对：Bowtie2或BWA将reads比对到参考基因组
• 峰值检测：MACS2或HOMER识别显著开放区域
• 差异分析：DESeq2或edgeR检测样本间差异开放区域
• 功能注释：ChIPseeker对开放区域进行基因注释
• 富集分析：GREAT或DAVID进行功能通路富集
• 转录因子预测：HOMER或MEME进行转录因子结合位点预测
• 核小体定位：NucleoATAC分析核小体占据情况
• 单细胞数据分析：Cell Ranger或ArchR处理单细胞ATAC-seq数据
• 多组学整合：Seurat或MOFA整合ATAC-seq与RNA-seq数据
• 可视化：IGV或UCSC基因组浏览器展示结果
• 统计分析：R或Python进行定制化分析

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• Illumina HiSeq X Ten
• Illumina NextSeq 550
• Illumina MiSeq
• Agilent 2100 Bioanalyzer
• Qubit Fluorometer
• Thermo Fisher Nanodrop
• Covaris S220
• Bio-Rad CFX96
• Beckman Coulter Biomek FXP
• Thermo Fisher KingFisher
• Eppendorf Centrifuge 5424
• Thermo Fisher Sorvall Legend Micro 21
• Thermo Fisher Pico 17
• Bioruptor Pico

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