染色质可及性测试（ATAC-Seq）

信息概要

染色质可及性测试（ATAC-Seq）是一种基于高通量测序的技术，用于研究染色质的开放状态。该技术通过转座酶Tn5优先切割开放染色质区域的特点，结合测序分析，揭示基因组中调控元件的活性状态。ATAC-Seq在表观遗传学、基因调控研究和疾病机制探索中具有重要价值，能够帮助科研人员识别转录因子结合位点、增强子和其他调控元件，为精准医学和药物开发提供关键数据支持。

检测项目

• 染色质开放区域定位
• 转录因子结合位点分析
• 增强子活性检测
• 启动子区域可及性评估
• 核小体占据状态分析
• 差异开放区域鉴定
• 染色质动态变化监测
• 表观遗传修饰关联分析
• 基因调控网络构建
• 细胞类型特异性开放区域识别
• 疾病相关变异位点筛选
• 染色质环结构预测
• 单细胞染色质可及性分析
• 组蛋白修饰关联研究
• 发育阶段特异性开放区域分析
• 药物响应相关染色质变化检测
• 环境因素对染色质的影响评估
• 衰老相关染色质可及性变化
• 肿瘤异质性染色质特征分析
• 跨物种保守调控元件比较

检测范围

• 人类全基因组染色质可及性
• 小鼠模型染色质开放状态
• 大鼠组织特异性染色质分析
• 斑马鱼发育相关染色质研究
• 果蝇神经细胞染色质特征
• 线虫表观遗传调控元件
• 酵母菌染色质动态变化
• 植物激素响应染色质区域
• 哺乳动物胚胎干细胞染色质
• 癌症细胞系染色质异常
• 免疫细胞激活状态染色质
• 神经退行性疾病模型染色质
• 心血管疾病相关染色质变化
• 代谢疾病相关调控元件
• 病毒整合位点染色质特征
• 细菌表观遗传调控研究
• 古菌染色质结构分析
• 器官类染色质开放图谱
• 罕见病相关染色质变异
• 环境污染物暴露染色质响应

检测方法

• Tn5转座酶介导的染色质切割
• 高通量测序文库构建
• Illumina平台双端测序
• 原始数据质量控制与过滤
• 序列比对与基因组定位
• PCR重复序列去除
• 开放区域峰检测
• 差异可及性分析
• 转录因子足迹分析
• 核小体定位预测
• 功能元件注释与富集分析
• 多组学数据整合分析
• 单细胞ATAC-Seq数据处理
• 三维染色质结构预测
• 机器学习模型构建与预测

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• Illumina HiSeq X Ten
• Illumina NextSeq 550
• Thermo Fisher Qubit 4.0
• Agilent 4200 TapeStation
• Bio-Rad CFX96 Real-Time PCR
• Covaris M220聚焦超声仪
• Beckman Coulter Biomek i7
• Thermo Fisher Nanodrop One
• Eppendorf Centrifuge 5430R
• Thermo Fisher Sorvall Legend Micro 21
• Bio-Rad PTC-200 Thermal Cycler
• Miltenyi Biotec MACSQuant Tyto
• 10x Genomics Chromium Controller
• Oxford Nanopore PromethION

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