ChIP-seq结合位点检测

信息概要

ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）结合位点检测是一种高通量技术，用于研究蛋白质与DNA的相互作用。该技术通过免疫沉淀特异性蛋白结合的DNA片段，结合高通量测序，精准定位蛋白在基因组上的结合位点。

ChIP-seq结合位点检测在表观遗传学、转录调控、疾病机制研究中具有重要作用。它能够帮助科研人员解析转录因子、组蛋白修饰等调控元件的功能，为疾病诊断和治疗提供分子层面的依据。

本检测服务提供全面的数据分析，包括peak calling、motif分析、差异结合位点分析等，确保客户获得高质量的实验结果和深入的生物学见解。

检测项目

• 转录因子结合位点检测
• 组蛋白修饰位点检测
• 染色质可及性分析
• 差异结合位点分析
• peak calling分析
• motif富集分析
• 结合位点注释
• 功能富集分析
• 通路分析
• 基因组浏览器可视化
• 差异表达基因关联分析
• 结合位点保守性分析
• 样本间相关性分析
• 质量控制分析
• reads分布统计
• peak重叠分析
• 结合位点聚类分析
• 靶基因预测
• 调控网络构建
• 个性化数据分析

检测范围

• 转录因子
• 组蛋白H3
• 组蛋白H4
• RNA聚合酶II
• CTCF
• p53
• NF-κB
• STAT3
• ERα
• AR
• MYC
• HIF1α
• E2F
• SP1
• FOXA1
• GATA1
• OCT4
• SOX2
• NANOG
• BRD4

检测方法

• 染色质免疫沉淀：利用抗体特异性富集目标蛋白结合的DNA片段
• DNA片段化：通过超声或酶切将染色质片段化
• 文库构建：制备适合高通量测序的DNA文库
• 高通量测序：使用下一代测序技术进行深度测序
• 数据质量控制：评估测序数据的质量和可靠性
• 序列比对：将测序reads比对到参考基因组
• Peak calling：识别显著的蛋白结合位点
• Motif分析：鉴定结合位点的特征序列模式
• 差异分析：比较不同样本间的结合位点差异
• 功能注释：将结合位点关联到邻近基因和功能元件
• 通路分析：研究结合位点相关基因的生物学通路
• 可视化分析：生成基因组浏览器可查看的轨迹图
• 统计分析：评估结果的统计学显著性
• 重复一致性分析：评估技术重复间的相关性
• 报告生成：整合分析结果生成综合报告

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• Illumina HiSeq X Ten
• Illumina NextSeq 550
• Thermo Fisher Ion GeneStudio S5
• BGI MGISEQ-2000
• Covaris S220
• Bioruptor Pico
• Agilent 2100 Bioanalyzer
• Qubit Fluorometer
• Thermo Fisher NanoDrop
• PCR仪
• 离心机
• 磁力架
• 电泳系统
• 自动化液体处理项目合作单位

了解中析

实验室仪器

合作客户