CRISPR脱靶测试

信息概要

CRISPR脱靶测试是一种用于评估基因编辑工具（如CRISPR-Cas9）在目标区域外可能产生的非特异性编辑的技术。该测试对于确保基因编辑的准确性和安全性至关重要，尤其在临床治疗和生物技术应用中，脱靶效应可能导致不可预测的遗传变异或细胞功能异常。第三方检测机构通过的技术手段和标准化流程，为客户提供全面、准确的脱靶检测服务，帮助优化基因编辑方案并降低潜在风险。

检测项目

• 全基因组脱靶位点筛查
• 目标区域邻近序列分析
• 高频脱靶位点验证
• 低频脱靶位点检测
• 插入与缺失突变（Indel）分析
• 单核苷酸变异（SNV）检测
• 结构变异（SV）评估
• 脱靶效应频率统计
• 编辑效率与脱靶率相关性分析
• 多靶点交叉验证
• 脱靶位点功能影响预测
• 同源重组修复事件检测
• 非同源末端连接（NHEJ）分析
• 脱靶位点表观遗传修饰检测
• 细胞毒性关联性评估
• 脱靶位点保守性分析
• 脱靶效应与细胞类型相关性研究
• 脱靶位点动态变化监测
• 长期培养后脱靶效应追踪
• 多组学数据整合分析

检测范围

• CRISPR-Cas9基因编辑系统
• CRISPR-Cas12a（Cpf1）系统
• 碱基编辑工具（Base Editor）
• Prime Editing系统
• CRISPR-Cas13 RNA编辑工具
• 双链DNA断裂修复模型
• 单链DNA断裂修复模型
• 哺乳动物细胞系编辑样本
• 植物基因组编辑样本
• 微生物基因工程样本
• 临床级基因治疗载体
• 类器官模型编辑样本
• 动物体内编辑模型
• 体外转录模板（IVT）样本
• 合成gRNA库筛选样本
• 多重基因编辑样本
• 表观基因组编辑工具
• CRISPRi/a沉默或激活系统
• 线粒体DNA编辑样本
• 病毒载体介导的编辑样本

检测方法

• 全基因组测序（WGS）：通过高通量测序全面扫描基因组脱靶位点
• 靶向测序（Targeted Sequencing）：针对预测脱靶区域进行深度测序
• GUIDE-seq：通过双链断裂标记全基因组脱靶位点
• Digenome-seq：体外检测Cas9切割位点的全基因组方法
• CIRCLE-seq：高灵敏度体外全基因组脱靶检测技术
• BLESS：直接标记双链断裂位点的测序方法
• HTGTS：高通量基因组易位测序
• LAM-HTGTS：线性扩增介导的HTGTS改进技术
• DISCOVER-Seq：利用DNA修复标记识别脱靶编辑
• VIVO：通过体外验证预测体内脱靶效应
• WGS-HTS：全基因组高通量测序结合生物信息学分析
• PCR扩增子测序：针对特定区域的高深度测序验证
• 单细胞测序：在单细胞水平分析脱靶异质性
• ChIP-seq：检测Cas9蛋白全基因组结合位点
• RNA-seq：评估基因编辑对转录组的影响

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000测序仪
• PacBio Sequel II系统
• Oxford Nanopore GridION
• Thermo Fisher Ion GeneStudio S5
• Agilent 4200 TapeStation
• Bio-Rad QX200 Droplet Digital PCR系统
• Applied Biosystems 3500遗传分析仪
• Nanodrop One超微量分光光度计
• Qubit 4.0荧光计
• Covaris M220聚焦超声仪
• BioAnalyzer 2100
• QuantStudio 6 Flex实时PCR系统
• MiSeq高通量测序仪
• NextSeq 550AR测序平台
• Fragment Analyzer毛细管电泳系统

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