CRISPR RNA活性检测

信息概要

CRISPR RNA活性检测是一种用于评估CRISPR系统中向导RNA（gRNA）功能活性的关键检测服务。该检测通过量化gRNA引导Cas蛋白靶向切割目标DNA的效率，为基因编辑实验的优化提供数据支持。检测结果对提高基因编辑的精准度、降低脱靶效应以及验证CRISPR系统性能具有重要意义。

本服务适用于科研机构、生物技术企业及药物研发团队，可帮助用户筛选gRNA、优化编辑条件，并确保实验结果的可靠性。检测涵盖多种CRISPR系统（如Cas9、Cas12a等），支持定制化方案以满足不同研究需求。

检测项目

• gRNA结合效率：测定gRNA与目标DNA序列的特异性结合能力。
• 靶向切割活性：量化gRNA引导Cas蛋白切割目标DNA的效率。
• 脱靶效应分析：评估gRNA在非目标位点引发的非特异性切割。
• 二级结构稳定性：检测gRNA的二级结构对活性的影响。
• 化学修饰影响：分析化学修饰对gRNA稳定性和活性的作用。
• 热稳定性：测定gRNA在不同温度下的活性保持能力。
• 核酸酶抗性：评估gRNA在血清或细胞环境中的降解抗性。
• 编辑效率动态范围：量化不同浓度gRNA的编辑效果变化。
• 多靶点协同效应：检测多个gRNA同时使用的协同编辑效率。
• 细胞穿透效率：评估gRNA在特定细胞系中的递送效果。
• 最小有效浓度：确定gRNA达到预期编辑效率的最低用量。
• 序列依赖性活性：分析目标序列特征对gRNA活性的影响。
• 宿主细胞兼容性：测试gRNA在不同宿主细胞中的功能性差异。
• 长期稳定性：监测gRNA在储存条件下的活性衰减情况。
• 批次一致性：验证不同生产批次gRNA的活性均一性。
• 荧光标记影响：评估荧光标记对gRNA活性的干扰程度。
• 盐浓度耐受性：检测不同离子强度下gRNA的活性变化。
• pH依赖性：分析pH环境对gRNA-Cas复合物功能的影响。
• 共转录效率：测定与Cas蛋白共转录时gRNA的成熟效率。
• 脱氨酶融合活性：评估用于碱基编辑的gRNA-脱氨酶复合体性能。
• 表观遗传修饰影响：研究DNA甲基化等修饰对gRNA活性的调控。
• 单核苷酸多态性敏感性：检测目标序列SNP对gRNA结合的影响。
• 重复序列靶向能力：评估gRNA对高度重复序列的编辑特异性。
• 基因组位置效应：分析染色质开放状态对编辑效率的作用。
• 动物模型验证：在体内模型中测试gRNA的实际编辑效果。
• 植物系统适用性：检测gRNA在植物细胞中的活性表现。
• 微生物编辑效率：评估gRNA在原核生物中的基因敲除能力。
• RNA聚合酶III启动子兼容性：测试不同启动子驱动gRNA表达的差异。
• 冷冻-解冻稳定性：测定反复冻融对gRNA活性的影响。
• 无菌性检测：验证gRNA制备物中微生物污染情况。

检测范围

• SpCas9 gRNA
• SaCas9 gRNA
• Cas12a (Cpf1) crRNA
• Cas12b gRNA
• Cas13a crRNA
• Cas13b gRNA
• CasX gRNA
• Cas14 gRNA
• 双切口酶gRNA
• 高保真Cas9变体gRNA
• 碱基编辑向导RNA
• 表观遗传编辑gRNA
• 启动子靶向gRNA
• lncRNA靶向gRNA
• miRNA靶向gRNA
• 化学合成gRNA
• 体外转录gRNA
• 载体表达gRNA
• 修饰型gRNA（如2'-O-甲基修饰）
• 荧光标记gRNA
• 生物素标记gRNA
• 锁核酸修饰gRNA
• 硫代磷酸修饰gRNA
• 肽缀合gRNA
• 纳米颗粒包裹gRNA
• 环状gRNA
• 自切割核酶gRNA
• 串联gRNA阵列
• 条件性激活gRNA
• 组织特异性gRNA

检测方法

• 体外切割实验：通过纯化Cas蛋白与gRNA在体外切割线性化质粒DNA。
• T7E1错配检测：利用T7核酸内切酶I检测编辑后产生的错配。
• 高通量测序验证：通过NGS定量分析编辑效率和脱靶效应。
• 荧光报告系统：采用GFP/RFP等报告基因检测gRNA功能活性。
• 电泳迁移率变动分析：EMSA检测gRNA与DNA的结合能力。
• 表面等离子共振：SPR技术实时监测gRNA-Cas复合物形成动力学。
• 等温滴定量热法：ITC测定gRNA与Cas蛋白结合的亲和力常数。
• 圆二色谱分析：CD光谱研究gRNA二级结构特征。
• 动态光散射：DLS分析gRNA-Cas复合物的粒径分布。
• 微流控芯片技术：在芯片上实现高通量gRNA活性筛选。
• 数字PCR定量：ddPCR准确测量编辑等位基因的频率。
• 流式细胞分选：FACS分离编辑细胞并统计效率。
• 质谱分析：LC-MS检测gRNA的化学修饰程度。
• 原子力显微镜：AFM观察gRNA-DNA复合物的纳米级结构。
• 单分子荧光成像：实时追踪单个gRNA的编辑过程。
• 生物膜干涉技术：BLI无标记检测gRNA结合动力学。
• 电化学发光检测：ECL技术高灵敏度定量编辑产物。
• 数字微镜装置成像：DMD实现多靶点并行检测。
• 拉曼光谱分析：SERS增强型检测gRNA分子指纹。
• 纳米孔测序：Oxford Nanopore直接读取编辑后序列。
• 酵母双杂交系统：评估gRNA与Cas蛋白的相互作用强度。
• 染色体构象捕获：3C技术研究编辑对染色质结构的影响。
• RNA-seq分析：全转录组测序评估脱靶转录效应。
• 蛋白质印迹：Western blot检测编辑后蛋白表达变化。
• 显微注射验证：在斑马鱼/小鼠胚胎中测试gRNA活性。

检测仪器

• 实时荧光定量PCR仪
• 高通量测序仪
• 毛细管电泳系统
• 表面等离子共振仪
• 等温滴定量热仪
• 圆二色谱仪
• 动态光散射仪
• 微流控芯片阅读器
• 数字PCR系统
• 流式细胞仪
• 液相色谱-质谱联用仪
• 原子力显微镜
• 单分子荧光显微镜
• 生物膜干涉分析仪
• 电化学发光检测仪