小鼠测序覆盖率实验

信息概要

小鼠测序覆盖率实验是基因组学研究中的重要环节，通过对小鼠基因组进行高通量测序，评估测序数据的覆盖均匀性和深度，确保后续分析的准确性和可靠性。该检测服务由第三方检测机构提供，涵盖从样本制备到数据分析的全流程，适用于科研机构、制药企业及生物技术公司。

测序覆盖率检测的重要性在于：它能够验证测序数据的质量，识别基因组中的低覆盖或高覆盖区域，为基因变异分析、功能注释及比较基因组学研究提供可靠依据。高质量的覆盖率数据可显著减少假阳性和假阴性结果，提升研究成果的可信度。

检测项目

• 全基因组测序覆盖率
• 外显子区域覆盖率
• 基因编码区覆盖均匀性
• 测序深度分布统计
• 低覆盖区域占比
• 高覆盖区域占比
• GC含量偏差分析
• 重复序列覆盖率
• 线粒体基因组覆盖率
• 性别染色体覆盖对比
• SNP位点覆盖验证
• 插入缺失区域覆盖
• 结构变异检测灵敏度
• 转录本覆盖完整性
• 启动子区域覆盖率
• 增强子区域覆盖率
• 保守序列覆盖分析
• 样本间覆盖一致性
• 批次效应评估
• 数据冗余度统计

检测范围

• C57BL/6品系小鼠
• BALB/c品系小鼠
• NOD-scid免疫缺陷小鼠
• 转基因小鼠模型
• 基因敲除小鼠
• 人源化小鼠
• 肿瘤模型小鼠
• 衰老研究小鼠
• 代谢疾病模型小鼠
• 神经退行性疾病模型
• 心血管疾病模型
• 自身免疫疾病模型
• 无菌小鼠
• 近交系小鼠
• 远交系小鼠
• 杂交一代小鼠
• 胚胎干细胞小鼠
• 条件性基因敲除小鼠
• 报告基因小鼠
• 突变体库小鼠

检测方法

• Illumina双端测序法：采用短读长高通量测序技术
• PacBio SMRT测序：长读长测序用于复杂区域覆盖
• Oxford Nanopore测序：实时单分子测序技术
• 杂交捕获测序：目标区域富集后覆盖率分析
• PCR-free文库制备：减少扩增偏倚的覆盖评估
• UMI标记测序：消除PCR重复的覆盖统计
• 甲基化测序覆盖分析：表观遗传修饰区域检测
• 单细胞测序覆盖：评估微量样本的覆盖均匀性
• RNA-Seq覆盖分析：转录本层面的覆盖验证
• ChIP-Seq覆盖检测：蛋白质结合位点的覆盖评估
• 宏基因组覆盖统计：微生物组研究的覆盖标准
• 靶向重测序覆盖：定制Panel的覆盖性能验证
• 低起始量测序：评估微量DNA的覆盖完整性
• 多组学整合覆盖：联合分析基因组与转录组数据
• 三代测序拼接：长读长数据的连续覆盖评估

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• Illumina HiSeq X Ten
• PacBio Sequel II
• Oxford Nanopore PromethION
• BGISEQ-500
• Ion Torrent S5
• Qiagen QIAcube
• Covaris M220
• Agilent 4200 TapeStation
• Thermo Fisher QuantStudio
• Beckman Coulter Biomek
• Bio-Rad QX200
• Nanodrop One
• Qubit 4.0 Fluorometer
• BioAnalyzer 2100