人源肿瘤小鼠染色质开放实验

信息概要

人源肿瘤小鼠染色质开放实验是一种用于研究肿瘤发生发展过程中染色质动态变化的重要技术。该实验通过分析染色质开放区域，揭示基因调控机制，为肿瘤治疗靶点的发现提供科学依据。

检测的重要性在于，染色质开放状态与基因表达密切相关，通过该实验可以鉴定肿瘤特异性调控元件，帮助理解肿瘤异质性、耐药性等关键问题，为精准医疗提供数据支持。

本检测服务涵盖样本处理、数据生成、生物信息学分析全流程，确保结果的准确性和可重复性。

检测项目

• 染色质开放区域全基因组图谱
• 差异开放区域分析
• 转录因子结合位点预测
• 增强子活性评估
• 启动子区域开放状态
• 核小体定位分析
• 染色质可及性评分
• 肿瘤特异性开放区域鉴定
• 保守性调控元件分析
• 超级增强子识别
• 染色质状态转换分析
• 甲基化与开放区域关联分析
• 组蛋白修饰共定位分析
• 基因调控网络构建
• 通路富集分析
• 肿瘤亚型特异性标记物筛选
• 耐药相关开放区域检测
• 转移相关染色质变化分析
• 治疗响应预测模型构建
• 多组学数据整合分析

检测范围

• 人源化PDX小鼠模型
• 异种移植肿瘤组织
• 原代肿瘤细胞
• 肿瘤干细胞
• 循环肿瘤细胞
• 转移灶组织
• 治疗耐药模型
• 不同肿瘤分期样本
• 多种亚型肿瘤
• 基因编辑肿瘤模型
• 免疫缺陷小鼠模型
• 患者来源类器官
• 肿瘤微环境样本
• 不同治疗响应样本
• 复发肿瘤样本
• 罕见肿瘤类型
• 儿科肿瘤模型
• 遗传工程小鼠模型
• 多癌种比较样本
• 时间序列动态样本

检测方法

• ATAC-seq：测定染色质可及性的高通量测序技术
• DNase-seq：通过DNase I消化检测开放染色质
• MNase-seq：分析核小体定位的方法
• FAIRE-seq：基于甲醛交联的开放区域检测
• ChIP-seq：研究蛋白-DNA相互作用
• Hi-C：三维基因组构象分析
• CUT&Tag：低背景的蛋白-DNA互作检测
• scATAC-seq：单细胞水平染色质可及性分析
• WGBS：全基因组甲基化测序
• RNA-seq：转录组分析
• CAGE：捕获转录起始位点
• 4C：特定位点染色质互作分析
• HiChIP：结合Hi-C和ChIP的技术
• PLAC-seq：蛋白介导的染色质互作分析
• DRIP-seq：检测R-loop形成

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• Illumina HiSeq X Ten
• PacBio Sequel II
• Oxford Nanopore PromethION
• 10x Genomics Chromium
• BD FACSAria III
• Agilent 2100 Bioanalyzer
• Covaris S220
• Thermo Fisher Qubit 4.0
• Nanodrop One
• Bio-Rad CFX96
• Beckman Coulter Biomek i7
• Eppendorf Centrifuge 5430R
• Thermo Fisher Sorvall LYNX
• Leica CM1950