人源肿瘤小鼠Hi-C实验

信息概要

人源肿瘤小鼠Hi-C实验是一种先进的基因组学研究技术，通过高通量染色质构象捕获（Hi-C）技术，解析人源肿瘤组织在小鼠模型中的三维基因组结构。该技术能够揭示肿瘤发生发展过程中的染色质空间互作变化，为肿瘤机制研究和靶向治疗提供重要依据。

检测的重要性在于，Hi-C数据能够帮助科研人员理解肿瘤特异性染色质环、拓扑关联域（TADs）等结构特征，从而挖掘潜在的致癌基因或抑癌基因调控网络。此外，该技术还可用于评估药物干预对基因组空间结构的影响，为个性化医疗提供支持。

检测项目

• 染色质互作频率矩阵构建
• 拓扑关联域（TADs）边界鉴定
• 染色质环（Chromatin Loops）检测
• 增强子-启动子互作分析
• 基因组区室（A/B Compartment）划分
• 差异互作区域（Differential Interaction Regions）分析
• 染色质空间距离建模
• 三维基因组重构
• 肿瘤特异性结构变异检测
• 拷贝数变异（CNV）关联互作分析
• 转录因子结合位点空间共定位
• 表观遗传标记与互作关联分析
• 跨物种染色质结构保守性比较
• 肿瘤驱动基因的远程调控网络解析
• 染色质动态变化时序分析
• 药物处理前后互作差异比较
• 单细胞Hi-C数据整合分析
• 基因组不稳定性热点区域定位
• 核内染色体空间位置预测
• 多组学数据联合分析（Hi-C+RNA-seq+ATAC-seq）

检测范围

• 人源肿瘤异种移植（PDX）模型
• 转基因肿瘤小鼠模型
• 基因编辑肿瘤小鼠模型
• 原位移植肿瘤模型
• 转移性肿瘤模型
• 血液系统肿瘤模型
• 实体瘤模型（肺癌/乳腺癌/结直肠癌等）
• 放疗/化疗耐药模型
• 免疫治疗响应模型
• 肿瘤干细胞模型
• 多发性肿瘤模型
• 罕见肿瘤类型模型
• 肿瘤微环境研究模型
• 肿瘤进化时序模型
• 器官特异性肿瘤模型
• 遗传性肿瘤综合征模型
• 病毒诱导肿瘤模型
• 化学诱导肿瘤模型
• 辐射诱导肿瘤模型
• 人源化免疫系统肿瘤模型

检测方法

• 高通量染色质构象捕获（Hi-C）：通过交联、酶切和连接捕获染色质空间互作
• 原位Hi-C：优化实验流程提高近端互作分辨率
• 单细胞Hi-C：在单个细胞水平解析染色质结构
• Capture Hi-C：靶向特定基因组区域的互作检测
• DNase Hi-C：结合DNase敏感性提高开放染色质互作检测
• HiChIP：整合蛋白免疫沉淀的Hi-C技术
• Micro-C：使用微球菌核酸酶获得更高分辨率
• 3C-qPCR：针对特定互作位点的定量验证
• 4C-seq：研究特定基因座的全基因组互作谱
• 5C技术：中等通量的靶向互作检测
• ChIA-PET：蛋白中心染色质互作分析
• Hi-C数据处理管道（HiC-Pro/HiCExplorer）
• 三维基因组可视化（Juicebox/3D Genome Browser）
• 机器学习预测模型（DeepHiC/HiC-Reg）
• 多组学整合分析（Hi-C+表观遗传+转录组）

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• HiSeq X Ten
• NextSeq 550
• PacBio Sequel II
• Oxford Nanopore PromethION
• Bio-Rad S3e细胞分选仪
• Covaris M220超声破碎仪
• Thermo Fisher Qubit 4.0
• Agilent 4200 TapeStation
• Beckman Coulter Biomek i7
• Eppendorf Mastercycler X50
• Thermo Fisher Nanodrop One
• Bioruptor Pico超声仪
• 10x Genomics Chromium Controller
• BD FACSAria III流式细胞仪