人源肿瘤小鼠ATAC-seq测试

信息概要

人源肿瘤小鼠ATAC-seq测试是一种基于转座酶可及染色质的高通量测序技术，用于研究人源肿瘤异种移植模型（PDX）中的染色质开放状态。该检测能够揭示肿瘤表观遗传调控机制，为肿瘤生物学研究和药物开发提供重要依据。

该检测的重要性在于：通过分析染色质可及性变化，可识别肿瘤特异性调控元件、转录因子结合位点及潜在生物标志物，为个性化治疗策略提供理论支持。检测结果可用于评估肿瘤异质性、耐药机制及治疗靶点筛选。

本服务涵盖样本制备、文库构建、高通量测序及生物信息学分析全流程，确保数据准确性和可重复性。

检测项目

• 染色质开放区域全局图谱
• 差异可及性区域分析
• 转录因子结合位点预测
• 核小体定位分析
• 增强子/启动子活性评估
• 染色质状态分类
• 峰注释与基因组特征关联
• motif富集分析
• 通路调控网络构建
• 肿瘤特异性开放区域鉴定
• 样本间相关性分析
• 主成分分析（PCA）
• 聚类分析
• 可及性与基因表达关联分析
• 超级增强子识别
• 保守性元件分析
• 突变位点染色质可及性评估
• 亚克隆结构推断
• 表观遗传异质性量化
• 药物靶点可及性评分

检测范围

• 人源肿瘤组织PDX模型
• 原代肿瘤细胞移植模型
• 患者来源类器官模型
• 化疗耐药性PDX模型
• 免疫治疗响应PDX模型
• 转移性肿瘤PDX模型
• 血液系统肿瘤PDX模型
• 实体瘤PDX模型
• 罕见肿瘤PDX模型
• pediatric肿瘤PDX模型
• 多组学整合分析样本
• 治疗前后配对样本
• 不同传代阶段样本
• 不同解剖部位样本
• 基因编辑PDX模型
• 微生物组干预模型
• 放射治疗模型
• 联合治疗模型
• 肿瘤微环境研究模型
• 肿瘤干细胞富集模型

检测方法

• Tn5转座酶染色质切割：使用工程化Tn5转座酶片段化开放染色质
• 磁珠片段分选：通过AMPure XP磁珠筛选适宜长度片段
• PCR扩增：添加测序接头并进行有限循环数扩增
• 文库质检：Agilent 2100分析文库片段分布
• qPCR定量：使用KAPA Library Quantification Kit准确定量
• Illumina测序：NovaSeq 6000平台进行双端测序
• 原始数据质控：FastQC评估测序质量
• 序列比对：Bowtie2将reads映射至参考基因组
• 峰检测：MACS2识别显著开放区域
• 差异分析：DESeq2鉴定样本间差异可及区域
• motif分析：HOMER预测转录因子结合motif
• 功能注释：ChIPseeker进行基因组区域注释
• 通路分析：clusterProfiler进行通路富集
• 可视化：Integrative Genomics Viewer生成交互式图谱
• 多组学整合：MEME套件关联ATAC与RNA-seq数据

检测仪器

• Covaris超声破碎仪
• Thermo Fisher Nanodrop
• Qubit荧光定量仪
• Agilent 2100 Bioanalyzer
• Illumina NovaSeq 6000
• Applied Biosystems QuantStudio
• Eppendorf离心机
• Thermo Fisher PCR仪
• Bio-Rad电泳系统
• Beckman Coulter Biomek
• KingFisher磁珠纯化系统
• Thermo Fisher Varioskan
• Miltenyi gentleMACS
• Leica显微操作系统
• Sony细胞分选仪