植物三维基因组检测

信息概要

植物三维基因组检测是通过高通量测序与生物信息学分析技术，解析植物基因组三维空间结构及其功能关联的高端检测服务。该检测能够揭示染色质高级构象、基因调控网络以及表观遗传修饰的相互作用，为植物遗传改良、抗逆机制研究及功能基因组学提供关键数据支撑。其重要性体现在解析复杂性状遗传基础、优化基因编辑策略及加速作物育种进程等领域。

检测项目

• 染色质空间互作频率分析
• 拓扑关联结构域（TAD）鉴定
• 染色质环（Chromatin Loop）检测
• 三维基因组结构建模
• 增强子-启动子相互作用分析
• 核区室（A/B Compartment）划分
• 表观遗传修饰与三维结构关联分析
• 转座子对基因组三维结构的影响评估
• 染色质动态变化与发育阶段关联研究
• 等位特异性三维结构解析
• 基因组三维结构与基因表达相关性分析
• 胁迫响应下的三维基因组重编程检测
• 多组学数据整合分析（三维基因组+转录组）
• 物种间三维基因组进化比较
• CRISPR编辑位点三维环境影响评估
• 核仁组织区（NOR）定位分析
• 着丝粒区域三维构象解析
• 端粒空间定位与功能关联研究
• 染色质开放性（ATAC-seq）与三维结构整合
• 单细胞水平三维基因组异质性检测

检测范围

• 水稻三维基因组检测
• 玉米三维基因组检测
• 小麦三维基因组检测
• 大豆三维基因组检测
• 拟南芥三维基因组检测
• 番茄三维基因组检测
• 棉花三维基因组检测
• 马铃薯三维基因组检测
• 油菜三维基因组检测
• 甘蔗三维基因组检测
• 杨树三维基因组检测
• 菊花三维基因组检测
• 兰花三维基因组检测
• 辣椒三维基因组检测
• 苹果三维基因组检测
• 柑橘三维基因组检测
• 茶树三维基因组检测
• 烟草三维基因组检测
• 苜蓿三维基因组检测
• 苔藓植物三维基因组检测

检测方法

• Hi-C技术：捕获全基因组染色质相互作用数据
• ChIA-PET：解析特定蛋白介导的染色质互作
• ATAC-seq：分析开放染色质区域
• HiChIP：整合Hi-C与ChIP的靶向互作检测
• Capture Hi-C：针对特定基因区的定向互作分析
• Single-cell Hi-C：单细胞水平三维结构解析
• DNase-seq：鉴定DNA酶超敏感位点
• RNA FISH：验证三维结构中的基因共定位
• 3D-FISH：三维荧光原位杂交空间定位
• ChIP-seq：表观修饰与转录因子结合位点检测
• GAM（Genome Architecture Mapping）：冷冻切片染色质互作分析
• SPRITE：多重染色质互作网络重建
• Oligopaint FISH：高分辨率靶向基因组成像
• CUT&RUN：染色质蛋白-DNA互作分析
• Micro-C：高分辨率染色质构象捕获技术

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000测序仪
• Oxford Nanopore PromethION
• PacBio Sequel IIe
• 10x Genomics Chromium系统
• BD FACSAria III流式细胞分选仪
• Leica TCS SP8共聚焦显微镜
• Thermo Fisher QuantStudio实时PCR仪
• Agilent 4200 TapeStation
• Covaris M220超声破碎仪
• Bio-Rad CFX96 Touch qPCR仪
• Nikon N-STORM超分辨显微镜
• Beckman Coulter Biomek液体处理项目合作单位
• Illumina HiSeq X Ten系统
• Zeiss LSM 900激光共聚焦显微镜
• Bionano Saphyr基因组光学图谱系统

了解中析

实验室仪器

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