细胞表观组测试

信息概要

• 细胞表观组测试是通过分析细胞中不涉及DNA序列变化的遗传修饰来评估基因表达调控状态的高通量检测服务，涵盖DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质可及性等多个层面。
• 该检测对于理解发育生物学、疾病机制（如癌症和神经退行性疾病）、药物反应及个性化医疗策略至关重要，能够提供超越基因组学的功能洞察。
• 我们的服务提供从样本处理、数据生成到生物信息学分析的一站式解决方案，确保数据的准确性和可重复性，为科研和临床研究提供强大支持。

检测项目

• 全基因组DNA甲基化分析
• 启动子区域甲基化水平
• 基因体甲基化水平
• CpG岛甲基化状态
• 羟甲基化水平检测
• H3K4me3修饰水平
• H3K27me3修饰水平
• H3K9me3修饰水平
• H3K36me3修饰水平
• H3K27ac修饰水平
• H3K9ac修饰水平
• H4K16ac修饰水平
• 组蛋白泛素化修饰
• 组蛋白磷酸化修饰
• 染色质开放性（ATAC-seq）
• 核小体定位
• 转录因子结合位点分析
• 增强子活性状态
• 绝缘子功能分析
• 三维基因组结构（Hi-C）
• 染色质互作频率
• 拓扑关联结构域（TAD）鉴定
• 非编码RNA表达谱（如lncRNA）
• microRNA表达与调控
• 环状RNA表达分析
• RNA甲基化（m6A）修饰
• 等位基因特异性表达
• 单细胞表观组异质性
• 表观遗传年龄时钟评估
• 表观遗传稳定性指数

检测范围

• 全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）
• 简化代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）
• 靶向DNA甲基化测序
• 甲基化DNA免疫沉淀测序（MeDIP-seq）
• 羟甲基化DNA免疫沉淀测序（hMeDIP-seq）
• 染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）
• CUT&Tag
• ATAC-seq
• DNase-seq
• MNase-seq
• FAIRE-seq
• Hi-C
• ChIA-PET
• 4C-seq
• 5C-seq
• 单细胞ATAC-seq
• 单细胞ChIP-seq
• 单细胞DNA甲基化测序
• 氧化亚硫酸氢盐测序（oxBS-seq）
• TET辅助亚硫酸氢盐测序（TAB-seq）
• 甲基化敏感切割分析
• 甲基化特异性PCR（MSP）
• 焦磷酸测序
• 甲基化芯片（如Infinium MethylationEPIC）
• 组蛋白修饰芯片
• ChIP-on-chip
• MeDIP-chip
• 全基因组核小体定位测序
• RNA免疫沉淀测序（MeRIP-seq，用于m6A）
• 表观遗传编辑效率验证

检测方法

• 亚硫酸氢盐转化测序：将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶后进行测序，以鉴定DNA甲基化位点。
• 免疫沉淀：利用特异性抗体富集带有特定表观遗传标记（如甲基化DNA或组蛋白修饰）的DNA片段。
• 转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）：使用转座酶Tn5插入测序接头至开放染色质区域，评估基因组可及性。
• 染色质构象捕获技术：通过交联和酶切分析染色质在三维空间中的相互作用与结构。
• 芯片杂交：将样本DNA与固定在芯片上的探针杂交，用于中通量的甲基化或组蛋白修饰筛查。
• 焦磷酸测序：通过测序引物延伸过程中掺入的核苷酸所产生的光信号，定量特定位点的甲基化水平。
• 质谱法：用于准确测量全局的DNA甲基化或组蛋白修饰水平，提供整体丰度信息。
• 单细胞测序：在单个细胞水平上解析表观遗传异质性，揭示细胞群体的多样性。
• 限制性内切酶法：利用对甲基化敏感与否的限制性内切酶来切割DNA，从而推断甲基化状态。
• 纳米孔测序：直接读取DNA序列和修饰，无需亚硫酸氢盐转化等预处理步骤。
• 免疫荧光：利用抗体和荧光标记在细胞或组织原位可视化表观遗传标记的分布。
• Southern Blot：通过DNA探针杂交检测特定基因位点的甲基化状态，是一种传统方法。
• 液相色谱-质谱联用（LC-MS/MS）：高精度地定量核酸或组蛋白上的化学修饰。
• 荧光共振能量转移（FRET）：用于实时监测组蛋白修饰酶活性或蛋白-染色质相互作用。
• 酶联免疫吸附测定（ELISA）：基于板式的免疫学方法，用于快速检测特定组蛋白修饰的全局水平。
• 原位Hi-C：用于在基因组范围内绘制染色质互作图谱。
• CRISPR-based检测：利用CRISPR系统靶向特定基因组位点并报告其表观遗传状态。
• 分子条形码技术：在建库过程中引入独特分子标识符（UMI），以消除PCR扩增偏差，提高定量准确性。
• 生物信息学分析：对高通量测序数据进行比对、峰识别、差异分析和可视化，是核心计算方法。
• 机器学习预测：利用计算模型根据序列特征预测潜在的表观遗传修饰位点。

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000测序系统
• Illumina HiSeq X Ten测序系统
• Illumina MiSeq测序系统
• PacBio Sequel IIe系统
• Oxford Nanopore PromethION
• Oxford Nanopore MinION
• Agilent 2100生物分析仪
• Qubit荧光定量仪
• 实时定量PCR仪（qPCR）
• Nanodrop分光光度计
• 液相色谱-质谱联用仪（LC-MS）
• 流式细胞仪
• 共聚焦显微镜
• 微孔板读板机
• 自动化液体处理项目合作单位