人源肿瘤小鼠mRNA测序实验

信息概要

人源肿瘤小鼠mRNA测序实验是一种通过高通量测序技术分析人源肿瘤异种移植模型（PDX）中小鼠体内人源肿瘤组织的基因表达谱的检测服务。该技术能够精准捕捉肿瘤组织的转录组特征，为肿瘤机制研究、药物筛选及个性化治疗提供关键数据支持。检测的重要性在于其能够揭示肿瘤微环境中的基因表达变化，帮助研究者理解肿瘤发生发展的分子机制，并为临床前研究提供可靠的生物标志物。

检测项目

• mRNA表达量分析
• 差异基因表达分析
• 基因功能富集分析
• 信号通路活性分析
• 可变剪切分析
• 融合基因检测
• SNP/突变检测
• 肿瘤特异性标志物筛选
• 免疫相关基因表达分析
• 细胞周期相关基因分析
• 肿瘤干细胞标志物检测
• 代谢相关基因分析
• 转录因子调控网络分析
• 肿瘤异质性分析
• 药物靶点基因表达分析
• 耐药相关基因检测
• 炎症相关基因表达分析
• 凋亡相关基因分析
• 上皮-间质转化（EMT）相关基因检测
• 肿瘤微环境相关基因分析

检测范围

• 人源肿瘤异种移植模型（PDX）
• 人源肿瘤细胞系移植模型（CDX）
• 人源肿瘤组织切片
• 人源肿瘤单细胞悬液
• 人源肿瘤类器官
• 人源肿瘤干细胞
• 人源肿瘤转移模型
• 人源肿瘤耐药模型
• 人源肿瘤免疫治疗模型
• 人源肿瘤基因编辑模型
• 人源肿瘤原代细胞
• 人源肿瘤循环肿瘤细胞（CTC）
• 人源肿瘤外泌体
• 人源肿瘤微小残留病灶（MRD）
• 人源肿瘤多组学整合分析
• 人源肿瘤时空异质性分析
• 人源肿瘤甲基化关联分析
• 人源肿瘤lncRNA分析
• 人源肿瘤miRNA分析
• 人源肿瘤circRNA分析

检测方法

• RNA提取与纯化：使用TRIzol法或柱式法提取高质量RNA
• RNA完整性检测：通过Agilent Bioanalyzer评估RNA质量
• 文库构建：采用polyA富集或rRNA去除法构建测序文库
• 高通量测序：使用Illumina平台进行双端测序
• 原始数据质控：通过FastQC评估测序数据质量
• 序列比对：使用STAR或HISAT2将reads比对到参考基因组
• 基因定量：通过featureCounts或HTSeq计算基因表达量
• 差异表达分析：采用DESeq2或edgeR进行统计分析
• 功能注释：使用GO数据库进行基因功能注释
• 通路分析：通过KEGG或Reactome数据库分析信号通路
• 可变剪切分析：采用rMATS或SUPPA2检测可变剪切事件
• 融合基因检测：使用STAR-Fusion或FusionCatcher识别融合基因
• 突变分析：通过GATK或VarScan检测SNP和Indel
• 可视化分析：使用R语言ggplot2或ComplexHeatmap进行数据可视化
• 生物信息学整合分析：结合多组学数据进行系统生物学分析

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• Illumina HiSeq 4000
• Illumina MiSeq
• Agilent 2100 Bioanalyzer
• Qubit Fluorometer
• Nanodrop Spectrophotometer
• Covaris S220
• Thermal Cycler
• Centrifuge
• Vortex Mixer
• Microplate Reader
• PCR Workstation
• Electrophoresis System
• Liquid Handling Robot
• Ultra-low Temperature Freezer