微生物系统发育检测

信息概要

• 微生物系统发育检测通过基因序列分析确定微生物的进化关系和分类地位
• 基于16S rRNA/18S rRNA/ITS等保守基因区域的测序与比对
• 揭示微生物群落结构、功能基因及病原微生物溯源
• 对医疗诊断、环境监测和食品安全领域具有重要应用价值

检测项目

• 16S rRNA基因全长测序
• 18S rRNA基因多样性分析
• ITS区域真菌鉴定
• 功能基因（如amoA、nifH）检测
• 微生物α多样性指数计算
• β多样性比较分析
• 系统发育树构建
• OTU聚类分析
• 物种丰度分布检测
• 群落结构相似性分析
• 古菌特异性基因检测
• 病原微生物溯源追踪
• 微生物地理分布研究
• 进化距离计算
• 微生物网络互作分析
• 核心微生物组鉴定
• 稀有物种检测
• 功能基因注释
• 微生物与环境因子关联分析
• 抗生素抗性基因筛查
• 病毒宏基因组分析
• 微生物代谢通路预测
• 微生物进化速率分析
• 共生微生物检测
• 微生物适应性进化研究
• 微生物分子钟分析
• 微生物迁移模型构建
• 微生物基因水平转移检测
• 微生物生态位分化研究
• 微生物系统发育信号检测

检测范围

• 细菌域
• 古菌域
• 真菌界
• 原生动物
• 藻类微生物
• 放线菌门
• 厚壁菌门
• 变形菌门
• 拟杆菌门
• 蓝细菌门
• 子囊菌门
• 担子菌门
• 接合菌门
• 壶菌门
• 微孢子虫
• 黏菌
• 卵菌
• 嗜热微生物
• 嗜盐微生物
• 嗜酸微生物
• 嗜碱微生物
• 极端环境微生物
• 共生微生物
• 病原微生物
• 固氮微生物
• 硝化细菌
• 反硝化细菌
• 产甲烷菌
• 硫酸盐还原菌
• 光合细菌

检测方法

• PCR扩增：靶向扩增特定基因区域
• 高通量测序：大规模并行测序技术
• Sanger测序：传统单基因测序方法
• 宏基因组学：环境样本全基因组分析
• 系统发育树构建：基于序列相似性的进化关系重建
• 多序列比对：序列同源性分析
• 分子钟分析：估算物种分化时间
• 最大似然法：进化模型参数估计
• 贝叶斯推断：概率性系统发育重建
• 邻接法：基于遗传距离的树构建
• 最大简约法：最小进化步骤推断
• OTU聚类：操作分类单元划分
• α多样性分析：样本内物种丰富度评估
• β多样性分析：样本间差异比较
• LEfSe分析：生物标志物发现
• PICRUSt：功能基因预测
• 网络分析：微生物互作关系研究
• 祖先状态重建：进化特征推断
• 分子进化分析：选择压力检测
• 系统发育信号检测：性状进化模式分析

检测仪器

• Illumina NovaSeq测序仪
• Ion Torrent测序平台
• PacBio Sequel系统
• Oxford Nanopore测序仪
• ABI遗传分析仪
• 实时定量PCR仪
• 数字PCR系统
• 生物分析仪
• 超微量分光光度计
• 核酸提取项目合作单位
• 梯度PCR仪
• 恒温扩增仪
• 电泳系统
• 凝胶成像系统
• 超速离心机