植物纳米孔测序检测

信息概要

植物纳米孔测序检测是一种基于纳米孔技术的第三代测序方法，能够快速、精准地解析植物基因组、转录组及表观遗传信息。该技术通过实时监测DNA或RNA分子通过纳米孔时的电信号变化，实现对植物遗传物质的高通量测序。检测服务涵盖物种鉴定、基因功能分析、突变检测、病原微生物筛查等核心环节，对农业育种、生物多样性保护、转基因检测及植物病理研究具有重要意义。

检测项目

• 植物基因组从头组装
• 单核苷酸多态性（SNP）检测
• 插入缺失突变（InDel）分析
• 基因表达水平定量
• 长链非编码RNA（lncRNA）鉴定
• 可变剪接事件分析
• 表观遗传修饰检测（如甲基化分析）
• 病原微生物共感染筛查
• 叶绿体与线粒体基因组测序
• 转座子活性评估
• 杂交品种纯度验证
• 转基因成分特异性检测
• 物种进化树构建
• 抗病基因家族注释
• 代谢通路相关基因挖掘
• CRISPR编辑效率验证
• 病毒/类病毒伴随侵染检测
• 环境适应性基因筛选
• 微生物组与宿主互作分析
• 基因专利序列比对验证

检测范围

• 粮食作物（水稻、小麦、玉米）
• 经济作物（棉花、大豆、油菜）
• 果树（苹果、柑橘、葡萄）
• 蔬菜（番茄、黄瓜、辣椒）
• 药用植物（人参、黄芪、灵芝）
• 观赏植物（玫瑰、兰花、多肉）
• 林木（松树、杨树、桉树）
• 藻类（小球藻、螺旋藻）
• 苔藓与蕨类植物
• 濒危保护植物物种
• 古植物化石残留DNA
• 杂交育种中间材料
• 基因编辑突变体库
• 植物病毒与类病毒
• 内生菌及根际微生物组
• 转基因作物品系
• 植物细胞器基因组
• 植物合成生物学载体
• 植物病原真菌/细菌
• 植物-微生物共生体系

检测方法

• 纳米孔直接RNA测序：直接读取RNA分子无需反转录
• 全基因组扩增测序：针对微量样本的扩增策略
• 靶向捕获测序：基于探针的特定区域富集分析
• 表观标记检测：通过信号特征识别甲基化位点
• 实时数据质控：动态监控测序数据产出质量
• 长读长拼接算法：用于复杂基因组的组装优化
• 宏基因组分析：混合样本中物种组成解析
• 单分子表观分析：检测单链DNA修饰状态
• 动态范围定量：高精度基因表达量计算模型
• 结构变异检测：识别大片段插入/倒位等变异
• 系统发育分析：基于核心基因构建进化关系
• 功能基因注释：GO/KEGG数据库比对
• 突变体验证：编辑位点深度覆盖分析
• 污染筛查：外源DNA生物信息学过滤
• 多组学整合：基因组-转录组联合分析

检测仪器

• Oxford Nanopore PromethION
• MinION Mk1C便携式测序仪
• Qubit荧光定量仪
• Agilent 4200 TapeStation
• Covaris破碎仪
• PCR热循环仪
• 超速离心机
• 恒温核酸杂交箱
• Nanopore流动槽芯片
• Illumina NovaSeq对照系统
• PacBio Sequel IIe
• 生物分析仪2100
• 低温高速离心机
• 实时定量PCR仪
• 超低温样本存储柜

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