空间转录组联合染色体构象检测

信息概要

空间转录组联合染色体构象检测是一种先进的分子生物学技术，通过结合空间转录组学和染色体构象分析，全面解析基因表达的空间分布与染色体三维结构的关联性。该技术能够揭示细胞在特定微环境中的基因调控网络，为疾病机制研究、发育生物学和肿瘤异质性分析提供重要依据。

该检测的重要性在于其能够同时获取基因表达的空间信息和染色体相互作用数据，帮助研究者理解基因表达调控的时空特异性，为精准医学和基础研究提供多维度的数据支持。

检测项目

• 空间转录组测序
• 染色体构象捕获（Hi-C）
• 单细胞RNA测序
• 染色质可及性分析
• 基因表达谱分析
• 染色质互作网络构建
• 拓扑关联域（TAD）分析
• 增强子-启动子互作检测
• 差异表达基因筛选
• 空间共表达网络分析
• 染色体三维结构建模
• 细胞亚群空间分布解析
• 转录因子结合位点预测
• 长非编码RNA定位分析
• 可变剪接事件检测
• 基因融合事件筛查
• 表观遗传修饰关联分析
• 细胞周期相关基因表达分析
• 空间代谢通路活性评估
• 肿瘤微环境异质性研究

检测范围

• 人类组织样本
• 小鼠组织样本
• 大鼠组织样本
• 灵长类组织样本
• 植物组织样本
• 肿瘤组织
• 胚胎发育样本
• 脑组织样本
• 心脏组织样本
• 肝脏组织样本
• 肾脏组织样本
• 肺组织样本
• 肠道组织样本
• 皮肤组织样本
• 肌肉组织样本
• 血管组织样本
• 免疫系统组织
• 内分泌系统组织
• 生殖系统组织
• 干细胞样本

检测方法

• 空间转录组测序技术：通过条形码标记捕获空间位置信息的RNA序列
• Hi-C技术：检测全基因组范围内的染色质相互作用
• 单细胞测序：在单细胞分辨率下分析基因表达
• ATAC-seq：评估染色质可及性
• ChIP-seq：分析蛋白质与DNA的相互作用
• RNA-seq：全面检测基因表达水平
• FISH技术：荧光原位杂交验证空间定位
• 显微切割技术：准确获取特定区域的组织样本
• 生物信息学分析：整合多组学数据构建三维基因组模型
• 免疫荧光染色：验证蛋白质的空间分布
• qPCR验证：定量检测特定基因表达水平
• Western blot：蛋白质水平验证
• 流式细胞术：分析细胞表面标志物
• 共聚焦显微镜：高分辨率成像分析
• 质谱分析：检测蛋白质组学变化

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• 10x Genomics Chromium
• Nanostring GeoMx
• BD FACSAria
• Zeiss LSM 880
• Thermo Fisher Q Exactive
• Agilent 2100 Bioanalyzer
• Nanopore PromethION
• Leica CM1950
• Bio-Rad CFX96
• Thermo Fisher QuantStudio
• Beckman Coulter CytoFLEX
• PerkinElmer Opera Phenix
• Miltenyi Biotec MACSQuant
• Eppendorf Centrifuge 5430

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