菌斑微生态宏基因组测序测试

信息概要

菌斑微生态宏基因组测序测试是一种基于高通量测序技术的微生物群落分析服务，旨在全面解析口腔菌斑中的微生物组成、功能基因及代谢潜力。该检测通过提取样本中的总DNA，对微生物的基因组片段进行测序和生物信息学分析，揭示菌群多样性、丰度分布、致病菌携带情况以及潜在功能特征。

该检测的重要性在于：口腔菌斑微生态与龋齿、牙周病、口臭等口腔疾病密切相关，同时与全身健康（如心血管疾病、糖尿病）存在潜在关联。通过宏基因组测序，可精准识别致病菌群、评估生态平衡状态，为个性化口腔健康管理、疾病预防和临床干预提供科学依据。

本服务覆盖样本采集、DNA提取、文库构建、上机测序、数据分析和报告解读全流程，支持科研与临床场景应用。

检测项目

• 微生物群落α多样性指数
• 微生物群落β多样性分析
• 核心菌群组成鉴定
• 致病菌相对丰度检测
• 功能基因注释（KEGG通路）
• 功能基因注释（COG分类）
• 抗生素耐药基因筛查
• 毒力因子基因检测
• 细菌基因组组装
• 古菌基因组分析
• 真菌基因组分析
• 病毒基因组筛查
• 代谢通路富集分析
• 微生物间互作网络预测
• 样本间差异物种分析
• 样本间差异功能分析
• 潜在生物标志物筛选
• 群落结构与环境因子关联分析
• 样本污染度评估
• 数据质量控报告

检测范围

• 龈上菌斑
• 龈下菌斑
• 龋损部位菌斑
• 种植体周围菌斑
• 正畸托槽附着菌斑
• 舌背菌斑
• 颊黏膜菌斑
• 唾液微生物组
• 牙周袋菌斑
• 根尖周病变菌斑
• 义齿附着菌斑
• 儿童乳牙菌斑
• 老年人口腔菌斑
• 吸烟者口腔菌斑
• 糖尿病患者口腔菌斑
• 孕妇口腔菌斑
• 免疫缺陷患者口腔菌斑
• 放疗后口腔菌斑
• 抗生素使用后口腔菌斑
• 益生菌干预后口腔菌斑

检测方法

• Illumina NovaSeq测序平台：采用双端150bp读长进行高通量测序
• Nanopore测序技术：实现长读长实时测序
• 16S rRNA基因扩增子测序：针对保守区域进行菌群鉴定
• Shotgun宏基因组测序：全基因组随机片段测序
• MetaPhlAn分析流程：基于标记基因的物种注释
• Kraken2分类器：基于k-mer的快速物种分类
• HUMAnN3：微生物群落功能潜力分析
• QUAST：宏基因组组装质量评估
• Prokka：原核生物基因组注释
• DESeq2：差异丰度统计分析
• LEfSe：生物标志物发现算法
• SPINGO：种水平精准分类
• Picrust2：功能预测分析
• STAMP：可视化统计分析
• Cytoscape：微生物互作网络可视化

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• Oxford Nanopore GridION
• Qubit荧光定量仪
• Nanodrop分光光度计
• Agilent 2100生物分析仪
• Covaris超声破碎仪
• PCR仪
• 离心机
• 超低温冰箱
• 生物安全柜
• 电泳系统
• 恒温金属浴
• 真空浓缩仪
• 磁力架
• 自动化液体处理项目合作单位

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