空间转录组非靶向定位实验

信息概要

空间转录组非靶向定位实验是一种先进的分子生物学技术，能够在组织原位水平上全面解析基因表达的空间分布模式。该技术通过结合高通量测序与空间位置信息，为研究复杂生物系统的细胞异质性、微环境互作及发育动态提供了全新视角。

检测的重要性体现在：揭示疾病发生发展的空间分子机制，辅助精准医疗决策；推动肿瘤微环境、神经科学和发育生物学等领域突破；为药物靶点筛选和生物标志物发现提供高分辨率数据支持。

本检测服务涵盖样本制备、空间条形码标记、文库构建、测序分析全流程，可检测数万个基因的表达谱及其空间坐标信息，交付数据包括基因表达矩阵、空间定位图谱和差异表达分析报告。

检测项目

• 全转录组基因表达定量分析
• 空间特异性表达基因鉴定
• 细胞类型空间分布图谱构建
• 组织区域边界识别与划分
• 差异表达基因空间聚类分析
• 细胞间通信网络空间建模
• 微环境特异性通路富集分析
• 空间共表达模块识别
• 基因表达梯度变化检测
• 空间可变基因筛选
• 组织层析结构分子标记鉴定
• 空间连续区域识别
• 细胞空间邻接关系分析
• 空间自相关特征计算
• 多切片数据三维重建
• 空间转录组与单细胞数据整合
• 空间代谢通路活性预测
• 疾病相关空间热点检测
• 发育动态空间轨迹推断
• 空间表观遗传调控关联分析

检测范围

• 冷冻组织切片
• 石蜡包埋样本
• 肿瘤组织标本
• 脑神经组织
• 胚胎发育组织
• 植物根茎叶组织
• 免疫器官样本
• 皮肤组织样本
• 心血管组织
• 消化系统组织
• 呼吸系统组织
• 泌尿系统组织
• 内分泌腺体
• 骨与软骨组织
• 肌肉肌腱组织
• 眼耳感觉器官
• 生殖系统组织
• 昆虫模式生物组织
• 鱼类模式生物组织
• 类器官培养物

检测方法

• 激光捕获显微切割 - 准确定位目标区域进行微量样本分离
• 空间条形码标记 - 使用带有位置信息的寡核苷酸阵列
• 原位逆转录 - 保持组织形态完整的cDNA合成技术
• 连接酶介导的片段化 - 实现空间信息保留的文库制备
• 高通量测序 - Illumina平台双端测序
• 图像配准算法 - 将测序数据映射回组织切片
• 空间去卷积分析 - 解析混合信号中的细胞类型组成
• 空间插值算法 - 重建低分辨率区域的表达模式
• 形态学图像对齐 - 多切片数据的三维配准
• 空间统计检验 - 检测显著的空间表达模式
• 轨迹推断算法 - 重建发育或病理过程的空间动态
• 网络扩散模型 - 预测细胞间信号传递路径
• 多组学数据整合 - 关联空间转录组与蛋白质组数据
• 机器学习分类 - 自动识别组织结构特征
• 云计算平台分析 - 处理大规模空间数据集

检测仪器

• Visium空间基因表达系统
• GeoMx数字空间分析仪
• Illumina NovaSeq 6000
• Leica CM1950冷冻切片机
• Zeiss Axio Scan.Z1
• Nanostring GeoMx DSP
• 10x Genomics Visium平台
• Agilent 4200 TapeStation
• Thermo Fisher QuantStudio
• Beckman Coulter Biomek
• Miltenyi gentleMACS
• PerkinElmer Opera Phenix
• BD FACSMelody
• Sony SH800S细胞分选仪
• Oxford Nanopore PromethION

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