细菌样本PFGE实验

信息概要

• PFGE（脉冲场凝胶电泳）是一种用于细菌分型的分子生物学技术，通过分析DNA大片段来区分不同细菌菌株，适用于溯源调查和疫情监测。
• 该检测服务由第三方机构提供，确保结果准确性和可靠性，帮助客户在食品安全、医疗感染控制等领域做出决策。
• 检测的重要性在于识别细菌的遗传相关性，追踪感染源，预防疾病传播，并支持 regulatory compliance。

检测项目

• DNA提取纯度评估
• DNA浓度测定
• DNA完整性检查
• 酶切反应效率
• 酶切片段大小分布
• 电泳迁移率分析
• 带型模式识别
• 带强度量化
• 相似性指数计算
• 聚类分析结果
• 菌株遗传距离评估
• 脉冲时间优化验证
• 电场强度校准
• 凝胶浓度一致性
• 缓冲液pH值监测
• 温度控制参数
• 运行时间记录
• 图像清晰度评估
• 背景噪声消除
• 标准分子量标记比对
• 重复性测试
• 再现性验证
• 阳性对照分析
• 阴性对照检查
• 样本污染筛查
• 数据归一化处理
• 统计显著性计算
• 报告生成准确性
• 质量控制指标
• 结果解读服务

检测范围

• Escherichia coli
• Staphylococcus aureus
• Salmonella enterica
• Listeria monocytogenes
• Campylobacter jejuni
• Pseudomonas aeruginosa
• Klebsiella pneumoniae
• Enterococcus faecalis
• Clostridium difficile
• Mycobacterium tuberculosis
• Streptococcus pyogenes
• Haemophilus influenzae
• Neisseria meningitidis
• Vibrio cholerae
• Bacillus anthracis
• Yersinia pestis
• Proteus mirabilis
• Shigella sonnei
• Legionella pneumophila
• Helicobacter pylori
• Bordetella pertussis
• Citrobacter freundii
• Enterobacter cloacae
• Serratia marcescens
• Acinetobacter baumannii
• Burkholderia cepacia
• Morganella morganii
• Providencia stuartii
• Edwardsiella tarda
• Pasteurella multocida

检测方法

• PFGE基本 protocol：通过脉冲电场分离DNA大片段，用于细菌分型。
• DNA提取方法：使用酚-氯仿法或商业试剂盒提取高质量DNA。
• 酶切消化：利用稀有切割酶如NotI或XbaI进行DNA片段化。
• 凝胶制备：制备琼脂糖凝胶，优化浓度以匹配片段大小。
• 电泳运行：在特定脉冲条件下运行电泳，分离片段。
• 图像捕获：使用紫外透射仪或成像系统记录带型。
• 数据分析：通过软件如BioNumerics进行带型比较和聚类。
• 质量控制方法：包括阳性对照和重复实验以确保准确性。
• 标准化操作程序：遵循国际标准如CDC的PFGE指南。
• 样本预处理：包括细菌培养和细胞裂解步骤。
• 浓度测定方法：使用分光光度计或荧光计测量DNA浓度。
• 完整性评估：通过凝胶电泳检查DNA降解情况。
• 酶切效率测试：通过控制反应时间和温度优化酶切。
• 迁移率校准：使用分子量标记标准化电泳结果。
• 相似性分析：计算Dice系数或Jaccard指数评估菌株关系。
• 统计方法：应用多变量统计如主成分分析解释数据。
• 验证方法：通过重复实验验证结果的再现性。
• 污染控制方法：使用无菌技术和环境监测防止污染。
• 报告方法：生成详细检测报告，包括图像和数据解读。
• 培训方法：提供操作人员培训以确保协议一致性。

检测仪器

• 脉冲场凝胶电泳系统
• 紫外透射仪
• 凝胶成像系统
• 离心机
• 分光光度计
• 恒温培养箱
• 水浴锅
• 振荡器
• pH计
• 电子天平
• 微波炉
• 电泳电源
• 凝胶铸造托盘
• 移液器
• 生物安全柜