细胞空间转录实验

信息概要

• 细胞空间转录组学实验是一种先进的高通量技术，能够在保留组织空间结构的同时，全面分析细胞中基因的表达谱。
• 该检测服务对于理解细胞异质性、组织微环境、发育生物学及疾病机制（如肿瘤免疫和神经退行性疾病）具有关键作用，为精准医疗和药物研发提供重要依据。
• 我们的服务提供从样本制备、数据采集到生物信息学分析的一站式解决方案，确保数据的准确性和可靠性。

检测项目

• 基因表达定量分析
• 细胞类型鉴定
• 空间基因表达模式分析
• 差异表达基因分析
• 细胞群落识别
• 组织区域分割
• 细胞间通信网络推断
• 配体-受体互作分析
• 基因集富集分析
• 通路活性评分
• 发育轨迹重建
• 细胞状态转换分析
• 空间共表达模块识别
• 细胞空间邻域分析
• 肿瘤微环境表征
• 免疫细胞浸润评估
• 血管生成相关基因表达
• 神经突触基因表达图谱
• 细胞周期阶段评估
• 应激反应基因签名分析
• 细胞代谢状态分析
• 细胞分化状态标记
• 细胞凋亡信号检测
• 炎症反应特征分析
• 细胞外基质成分表达
• 细胞极性基因表达
• 干细胞标志物定位
• 细胞谱系追踪
• 空间变异基因识别
• 细胞空间聚类分析
• 组织层特异性基因鉴定
• 细胞迁移相关基因分析
• 细胞形态与基因表达关联分析
• 多组学数据整合分析
• 自定义生物标志物空间验证

检测范围

• 10x Genomics Visium
• Nanostring GeoMx Digital Spatial Profiler
• Vizgen MERSCOPE
• Akoya Biosciences CODEX
• Replay Sequencing
• Slide-seq
• Seq-Scope
• High-Density Spatial Transcriptomics
• DBiT-seq
• Stereo-seq
• Light-Seq
• Pixel-seq
• Seq-Scope
• SPLiT-seq
• Tomoseq
• FISSEQ
• MERFISH
• seqFISH
• osmFISH
• STARmap
• HybISS
• pciSeq
• ZipSeq
• ExSeq
• BARseq
• SRT-seq
• Proximity ID
• LASSO
• HDST
• Slide-DNA-seq
• Spatial ATAC-seq
• Spatial CUT&Tag
• Spatial Metabolomics
• Spatial Proteomics
• Multimodal Spatial Omics

检测方法

• 基于NGS的空间转录组学：通过高通量测序对带有空间位置信息的cDNA文库进行测序。
• 基于成像的空间转录组学：利用荧光原位杂交或成像测序技术直接在组织原位检测RNA。
• 组织切片制备与优化：确保组织形态完整和RNA质量，是实验成功的前提。
• 组织透化处理：优化条件以释放组织中的RNA并与捕获探针结合。
• 探针杂交与连接：使用带有条形码的探针与目标RNA结合，赋予其空间坐标信息。
• cDNA合成与扩增：将捕获的RNA反转录成cDNA并进行扩增，构建测序文库。
• 文库构建与质检：制备适用于Illumina等平台的测序文库，并进行质量评估。
• 高通量测序：在Illumina NovaSeq等平台上进行深度测序。
• 图像采集与拼接：对切片进行高分辨率成像，并拼接生成完整的空间图像。
• 空间条形码解码：将测序得到的条形码序列与空间位置进行匹配。
• 原始数据预处理：包括碱基识别、质量控制和去噪。
• 序列比对：将测序reads比对到参考基因组。
• 基因表达矩阵生成：统计每个空间点位或细胞上的基因表达量。
• 组织与细胞分割：利用图像分析技术界定组织区域和单个细胞的边界。
• 数据标准化与校正：消除技术噪音和批次效应，使数据可比。
• 无监督聚类分析：识别具有相似表达模式的空间区域或细胞类型。
• 差异表达分析：比较不同区域或条件下的基因表达水平。
• 空间趋势分析：鉴定基因表达在空间上的梯度变化模式。
• 细胞通讯分析：推断基于配体-受体对的细胞间相互作用。
• 多组学数据整合：将空间转录组数据与其它模态数据（如蛋白组）结合分析。

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000测序仪
• 10x Genomics Visium平台
• Nanostring GeoMx DSP
• Vizgen MERSCOPE平台
• Akoya Biosciences PhenoCycler-Fusion
• Leica cryostat冰冻切片机
• Zeiss Axio Scan.Z1全自动扫描显微镜
• Thermo Fisher Scientific Countess II FL自动细胞计数仪
• Agilent 4200 TapeStation系统
• Qubit 4.0荧光计
• Bio-Rad CFX Opus 96实时PCR系统
• Beckman Coulter Biomek i7自动化项目合作单位
• Mission Bio Tapestri平台
• Fluidigm C1系统
• Oxford Nanopore PromethION