RNA结构预测验证

信息概要

RNA结构预测验证是一项重要的生物技术检测服务，旨在通过高通量测序和计算模型对RNA的二级和三级结构进行精准预测与验证。该服务广泛应用于基因表达调控、药物开发、疾病诊断等领域，为科研机构和生物医药企业提供可靠的数据支持。检测的重要性在于，RNA结构的准确性直接影响其功能表现，错误的预测可能导致实验失败或结论偏差，因此第三方检测机构的验证不可或缺。

检测项目

• RNA二级结构预测
• RNA三级结构建模
• 碱基配对准确性验证
• 假结结构检测
• 发夹环稳定性分析
• 内部环构象验证
• 凸起环结构检测
• 多分支环构象分析
• RNA与配体结合位点预测
• RNA-蛋白质相互作用验证
• RNA动态构象变化监测
• 热力学稳定性评估
• 自由能计算验证
• 突变对结构的影响分析
• RNA降解产物结构检测
• 修饰碱基对结构的影响
• RNA折叠路径分析
• 结构保守性比对
• 功能性RNA元件鉴定
• RNA结构数据库比对验证

检测范围

• mRNA
• tRNA
• rRNA
• miRNA
• siRNA
• lncRNA
• circRNA
• snRNA
• snoRNA
• 病毒RNA
• 核酶
• 适配体
• 核糖开关
• RNA疫苗
• RNA药物
• 转录组RNA
• 外泌体RNA
• 古菌RNA
• 细菌RNA
• 植物RNA

检测方法

• SHAPE-MaP：通过化学探针标记RNA的2'-羟基，结合高通量测序分析结构灵活性
• DMS-Seq：利用二甲基硫酸酯修饰单链RNA碱基，检测未配对区域
• icSHAPE：改进的SHAPE技术，提高全转录组结构检测灵敏度
• RNA-Puzzle：国际RNA结构预测竞赛验证方法
• X射线晶体学：解析RNA高分辨率三维结构
• 冷冻电镜：测定大分子RNA复合物结构
• NMR光谱：分析小RNA动态结构
• SAXS：小角X射线散射分析RNA溶液构象
• FRET：荧光共振能量转移测量RNA构象变化
• 化学交联质谱：鉴定RNA内部或RNA-蛋白质相互作用位点
• 计算模拟：分子动力学预测RNA折叠路径
• 酶足迹法：利用核酸酶切割分析保护区域
• 反向PCR：验证RNA环化结构
• Northern杂交：特定RNA结构变异检测
• 深度测序：全转录组结构分析

检测仪器

• Illumina测序仪
• PacBio Sequel
• Oxford Nanopore
• Bruker NMR光谱仪
• 冷冻电子显微镜
• X射线衍射仪
• SAXS仪器
• 荧光光谱仪
• 质谱仪
• 实时PCR仪
• 毛细管电泳仪
• 超速离心机
• 动态光散射仪
• 等温滴定量热仪
• 圆二色谱仪