纳米孔RNA测序

信息概要

纳米孔RNA测序是一种基于纳米孔技术的第三代测序方法，能够直接对RNA分子进行实时、长读长测序，无需逆转录或扩增步骤。

该技术具有检测速度快、通量高、样本需求量少等优势，可广泛应用于转录组学研究、可变剪接分析、RNA修饰检测等领域。

第三方检测机构提供的纳米孔RNA测序服务，可为科研机构和医药企业提供高质量的测序数据和分析报告，助力基因表达研究和疾病机制探索。

检测项目

• RNA完整性检测：评估RNA样本的降解程度和质量状态
• RNA浓度测定：准确测量RNA样本的浓度值
• RNA纯度检测：检测RNA样本中蛋白质和有机物的污染情况
• 转录本定量：测定不同转录本的表达水平
• 可变剪接分析：识别和分析基因的可变剪接事件
• 融合基因检测：发现样本中存在的融合基因
• 新转录本发现：鉴定未被注释的新转录本
• RNA编辑检测：识别RNA序列中的编辑位点
• polyA尾长度测定：测量mRNA的polyA尾长度分布
• 5'端完整性检测：评估mRNA5'端的完整性
• 3'端完整性检测：评估mRNA3'端的完整性
• rRNA污染检测：检测样本中核糖体RNA的污染比例
• lncRNA分析：长链非编码RNA的鉴定和定量
• circRNA分析：环状RNA的鉴定和定量
• miRNA分析：微小RNA的鉴定和定量
• snRNA分析：小核RNA的鉴定和定量
• snoRNA分析：小核仁RNA的鉴定和定量
• tRNA分析：转运RNA的鉴定和定量
• 病毒RNA检测：检测样本中的病毒RNA序列
• RNA修饰检测：识别RNA分子上的各种修饰位点
• 转录起始位点定位：确定转录本的准确起始位置
• 转录终止位点定位：确定转录本的准确终止位置
• 等位基因特异性表达：分析等位基因的表达差异
• 外显子连接检测：验证外显子之间的连接情况
• 内含子保留检测：检测转录本中保留的内含子序列
• 反义转录本检测：鉴定与已知基因反义的转录本
• 基因间区转录本：鉴定基因间区产生的转录本
• 转录本异构体定量：测定不同转录本异构体的比例
• RNA二级结构预测：基于序列预测RNA的二级结构
• RNA-蛋白质互作分析：预测RNA与蛋白质的相互作用位点

检测范围

• mRNA测序
• lncRNA测序
• circRNA测序
• miRNA测序
• snRNA测序
• snoRNA测序
• tRNA测序
• rRNA测序
• 病毒RNA测序
• 细菌RNA测序
• 真菌RNA测序
• 寄生虫RNA测序
• 植物RNA测序
• 动物RNA测序
• 人类RNA测序
• 全转录组测序
• 小RNA测序
• 大RNA测序
• polyA+RNA测序
• polyA-RNA测序
• 核RNA测序
• 胞质RNA测序
• 线粒体RNA测序
• 叶绿体RNA测序
• 外泌体RNA测序
• 细胞游离RNA测序
• 单细胞RNA测序
• 空间转录组测序
• 甲基化RNA测序
• 乙酰化RNA测序

检测方法

• 纳米孔直接RNA测序：利用纳米孔技术直接测序RNA分子
• cDNA测序：通过逆转录生成cDNA后进行测序
• PCR扩增测序：对目标RNA进行PCR扩增后测序
• RNA完整性检测：通过电泳或芯片分析RNA完整性
• RNA浓度测定：使用分光光度计或荧光法测定浓度
• RNA纯度检测：通过吸光度比值评估样本纯度
• rRNA去除：使用探针杂交或酶法去除核糖体RNA
• polyA富集：利用oligo(dT)磁珠富集polyA+RNA
• 小RNA富集：通过大小选择富集小RNA分子
• RNA片段化：使用酶或离子打断RNA分子
• RNA末端修复：修复RNA分子的5'和3'末端
• 接头连接：在RNA片段两端连接测序接头
• 文库构建：制备适合纳米孔测序的RNA文库
• 质量检测：对构建好的文库进行质量评估
• 上机测序：将文库加载到纳米孔测序仪进行测序
• 原始数据采集：实时采集纳米孔测序产生的信号
• 碱基识别：将电信号转换为核苷酸序列
• 序列比对：将测序reads比对到参考基因组
• 转录本组装：基于比对结果重建完整转录本
• 差异表达分析：比较不同样本间的基因表达差异
• 可变剪接分析：识别和分析可变剪接事件
• 融合基因检测：通过跨基因比对发现融合转录本
• RNA修饰检测：通过信号特征识别RNA修饰位点
• 新转录本预测：基于比对缺口预测新转录本
• 功能注释：对新发现的转录本进行功能预测

检测仪器

• Oxford Nanopore MinION
• Oxford Nanopore GridION
• Oxford Nanopore PromethION
• Agilent 2100 Bioanalyzer
• Agilent 4200 TapeStation
• Qubit Fluorometer
• NanoDrop Spectrophotometer
• Thermal Cycler
• Magnetic Stand
• Centrifuge
• Vortex Mixer
• PCR Workstation
• Electrophoresis System
• Fluorescence Microscope
• Liquid Handling Robot