微生物检测宏转录组测序

信息概要

微生物检测宏转录组测序是一种基于高通量测序技术的微生物群落功能活性分析方法，通过对环境或样本中微生物群落的全部RNA进行测序，揭示微生物的基因表达谱和功能活性。

该检测服务广泛应用于环境监测、临床诊断、农业研究、食品安全等领域，能够全面评估微生物群落的代谢活动、病原体检测以及环境适应性等，为科研和产业提供精准数据支持。

宏转录组测序的重要性在于其能够直接反映微生物群落的实时功能状态，而不仅仅是物种组成，从而帮助研究者更深入地理解微生物与环境的相互作用机制。

检测项目

• 微生物群落组成分析
• 功能基因表达谱
• 病原微生物检测
• 抗生素耐药基因分析
• 毒力因子鉴定
• 代谢通路活性评估
• 环境适应性基因检测
• 微生物与宿主互作研究
• 生物膜形成相关基因检测
• 环境污染物降解基因检测
• 微生物胁迫响应分析
• 氮循环相关基因检测
• 碳循环相关基因检测
• 硫循环相关基因检测
• 磷循环相关基因检测
• 微生物次级代谢产物合成基因检测
• 病毒载量分析
• 噬菌体活性检测
• 微生物群落稳定性评估
• 微生物生态功能预测

检测范围

• 环境样本（土壤、水体、空气）
• 人体微生物组（口腔、肠道、皮肤）
• 动物微生物组
• 植物相关微生物
• 食品及发酵产品
• 临床样本（血液、组织、分泌物）
• 废水处理系统
• 工业微生物制剂
• 海洋微生物群落
• 极端环境微生物
• 农业土壤微生物
• 生物修复系统
• 肠道菌群研究
• 口腔微生物生态
• 皮肤微生态研究
• 发酵食品微生物
• 乳制品微生物群落
• 酿造工业微生物
• 药用微生物研究
• 益生菌制剂分析

检测方法

• RNA提取与纯化 - 采用专用试剂盒提取高质量总RNA
• rRNA去除 - 使用探针杂交或酶法去除核糖体RNA
• cDNA合成 - 通过逆转录制备测序文库
• 文库构建 - 使用接头连接和PCR扩增制备测序文库
• 高通量测序 - 采用Illumina等平台进行双端测序
• 原始数据质控 - 使用FastQC等工具评估数据质量
• 序列去宿主 - 比对去除宿主来源的序列
• 序列拼接 - 采用软件进行转录本组装
• 基因预测 - 识别开放阅读框和编码序列
• 功能注释 - 比对KEGG、COG等数据库进行功能注释
• 差异表达分析 - 识别不同条件下的差异表达基因
• 通路富集分析 - 评估代谢通路的活性变化
• 微生物溯源 - 通过序列比对确定微生物来源
• 耐药基因分析 - 比对ARDB等耐药基因数据库
• 数据可视化 - 生成直观的图表展示分析结果

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• Illumina HiSeq 4000
• Illumina MiSeq
• Thermo Fisher Ion GeneStudio S5
• PacBio Sequel II
• Oxford Nanopore GridION
• Qubit荧光定量仪
• Agilent 2100生物分析仪
• Nanodrop分光光度计
• PCR仪
• 离心机
• 超低温冰箱
• 生物安全柜
• 恒温混匀仪
• 电泳系统