考古样本RNA分析

信息概要

考古样本RNA分析是一项通过现代分子生物学技术对古代生物遗存中的RNA进行提取、测序和分析的检测服务。该技术能够揭示古代生物的基因表达信息、病原体演化历史以及环境适应性等关键数据，为考古学、古生物学和进化生物学研究提供重要科学依据。

检测的重要性在于，RNA分析可以补充DNA研究的局限性，直接反映生物体的活跃基因表达状态，帮助研究者了解古代生物的生理特征、疾病传播以及与环境互动的分子机制。此外，该技术对古代病原体的鉴定和溯源具有独特价值，可为现代医学提供历史参考。

本检测服务涵盖RNA提取、文库构建、高通量测序、生物信息学分析等全流程，确保数据的准确性和可靠性，满足学术研究和文化遗产保护的多样化需求。

检测项目

• RNA完整性检测
• RNA浓度测定
• RNA纯度检测
• 古代RNA降解程度分析
• 微生物RNA污染筛查
• 古代病原体RNA鉴定
• 宿主特异性RNA标记检测
• 基因表达谱分析
• 转录组组装
• 差异表达基因分析
• 非编码RNA检测
• RNA编辑位点识别
• 古代RNA甲基化分析
• RNA病毒基因组重建
• 环境RNA溯源分析
• 古代RNA保存条件评估
• RNA损伤模式分析
• 物种特异性RNA标记检测
• RNA-蛋白质相互作用预测
• 古代RNA代谢通路重建

检测范围

• 古代人类遗骸
• 动物化石样本
• 植物考古样本
• 古代微生物样本
• 古代病原体样本
• 古代寄生虫样本
• 古粪便样本
• 古土壤样本
• 古水体沉积物
• 古代食物残渣
• 古代毛发样本
• 古代皮革样本
• 古代纺织品
• 古代纸张样本
• 古代木制品
• 古代树脂化石
• 古代琥珀样本
• 古代骨骼样本
• 古代牙齿样本
• 古代软组织样本

检测方法

• RNA提取纯化：采用硅胶柱或磁珠法从古代样本中分离RNA
• DNase处理：去除DNA污染以确保RNA分析特异性
• RNA片段化：通过化学或酶法将RNA断裂为适宜测序的片段
• 文库构建：使用链特异性建库技术保留转录本方向信息
• 高通量测序：采用Illumina或PacBio平台进行深度测序
• qRT-PCR：定量检测特定RNA分子的保存状况
• RNA完整性检测：通过电泳或芯片分析评估RNA降解程度
• 生物信息学过滤：去除现代污染序列和测序错误
• 序列比对：将reads映射到参考基因组或转录组
• 从头组装：无参考基因组情况下的转录本重建
• 差异表达分析：比较不同样本间的基因表达水平
• 系统发育分析：基于RNA序列构建进化树
• 功能注释：对检测到的RNA分子进行GO/KEGG分类
• 损伤模式分析：识别古代RNA特有的化学修饰特征
• 保守性分析：评估古代RNA序列的进化保守区域

检测仪器

• Nanodrop分光光度计
• Qubit荧光定量仪
• Bioanalyzer生物分析仪
• TapeStation系统
• PCR仪
• 离心机
• 磁珠分离仪
• 核酸提取项目合作单位
• Illumina测序仪
• PacBio测序仪
• Oxford Nanopore测序仪
• 电泳系统
• 实时荧光定量PCR仪
• 超低温冰箱
• 生物安全柜