RNA pull down测试

信息概要

RNA pull down测试是一种用于研究RNA与蛋白质相互作用的重要技术，通过特异性捕获RNA结合蛋白（RBPs）来揭示RNA的功能调控机制。该技术在疾病机制研究、药物靶点筛选以及基因表达调控等领域具有广泛应用价值。

检测的重要性在于能够准确鉴定与目标RNA相互作用的蛋白质，为后续功能验证提供关键数据，从而推动生命科学研究和临床诊断的发展。

检测项目

• RNA纯度检测：评估RNA样本的纯度，确保无蛋白质或DNA污染
• RNA完整性检测：分析RNA降解程度，保证实验可靠性
• RNA浓度测定：准确测量RNA样本的浓度
• 生物素标记效率检测：验证RNA探针标记效果
• 探针特异性验证：确认RNA探针与目标序列的结合特异性
• 蛋白质-RNA结合活性检测：评估蛋白质与RNA的结合能力
• 结合亲和力测定：定量分析蛋白质-RNA相互作用强度
• 竞争性结合实验：检测其他分子对相互作用的干扰
• 结合动力学分析：研究蛋白质-RNA结合的时间过程
• 温度稳定性测试：评估不同温度下的结合稳定性
• pH稳定性测试：检测不同pH条件下的相互作用
• 离子强度影响分析：研究盐浓度对结合的影响
• 蛋白质组分鉴定：鉴定pull down获得的蛋白质成分
• 蛋白质定量分析：测定捕获蛋白质的含量
• Western blot验证：验证特定蛋白质的存在
• 质谱分析：对结合蛋白进行高通量鉴定
• RNA二级结构预测：分析RNA可能形成的空间结构
• 结合位点定位：确定蛋白质在RNA上的结合区域
• 突变影响分析：研究RNA突变对结合的影响
• 翻译抑制检测：评估RNA-蛋白质相互作用对翻译的影响
• 降解速率测定：测量RNA在复合物中的稳定性
• 细胞定位分析：研究复合物在细胞内的分布
• 共沉淀效率检测：评估pull down实验的捕获效率
• 非特异性结合检测：评估实验中的背景噪音水平
• 重复性测试：验证实验结果的可靠性
• 交叉反应检测：评估探针与其他RNA的相互作用
• 酶活性影响分析：研究结合对蛋白质酶活性的影响
• 复合物稳定性测试：评估RNA-蛋白质复合物的稳定性
• 药物干扰测试：检测化合物对相互作用的影响
• 基因组关联分析：研究与疾病相关的RNA-蛋白质互作

检测范围

• mRNA
• lncRNA
• miRNA
• siRNA
• shRNA
• rRNA
• tRNA
• snRNA
• snoRNA
• scaRNA
• viral RNA
• circRNA
• piRNA
• eRNA
• PROMPT
• TERRA
• 7SK RNA
• Y RNA
• SRP RNA
• RNase P RNA
• RNase MRP RNA
• telomerase RNA
• Xist RNA
• HOTAIR
• MALAT1
• NEAT1
• PVT1
• TUG1
• GAS5
• H19

检测方法

• 紫外分光光度法：测定RNA纯度和浓度
• 琼脂糖凝胶电泳：分析RNA完整性
• Northern blot：检测特定RNA分子
• 生物素-链霉亲和素pull down：捕获RNA结合蛋白
• Western blot：检测特定蛋白质
• 质谱分析：鉴定蛋白质组分
• ELISA：定量检测特定蛋白质
• 表面等离子共振：研究结合动力学
• 等温滴定量热法：测量结合热力学参数
• 荧光偏振：检测分子间相互作用
• 凝胶迁移实验：分析RNA-蛋白质复合物
• 核酸酶保护实验：确定结合位点
• 化学交联：稳定瞬时的相互作用
• RNA免疫沉淀：研究内源性RNA-蛋白质复合物
• 高通量测序：分析pull down产物的RNA组分
• 毛细管电泳：分离核酸片段
• 圆二色谱：研究RNA二级结构
• 小角X射线散射：分析复合物结构
• 原子力显微镜：观察单个分子相互作用
• 单分子荧光共振能量转移：研究动态相互作用
• 微流控技术：进行高通量相互作用筛选
• 生物信息学分析：预测结合位点和功能
• 蛋白质组学分析：全面鉴定结合蛋白
• RNA结构探针：分析RNA空间构象
• 放射性标记：高灵敏度检测相互作用

检测方法

• 紫外可见分光光度计
• 琼脂糖凝胶电泳系统
• 毛细管电泳仪
• 实时荧光定量PCR仪
• 高通量测序仪
• 质谱仪
• 表面等离子共振仪
• 等温滴定量热仪
• 荧光偏振仪
• 圆二色谱仪
• 小角X射线散射仪
• 原子力显微镜
• 共聚焦显微镜
• 超速离心机
• 微流控芯片系统