小鼠肝脏全基因组甲基化测试

信息概要

小鼠肝脏全基因组甲基化测试是一种高通量测序技术，用于全面分析小鼠肝脏组织中的DNA甲基化修饰情况。该检测通过识别基因组范围内的甲基化位点，帮助研究人员深入理解表观遗传调控机制在肝脏发育、疾病发生及代谢过程中的作用。

DNA甲基化作为重要的表观遗传标记，对基因表达调控具有关键影响。小鼠肝脏全基因组甲基化测试不仅能揭示甲基化模式与肝脏功能的关联，还可为肝脏相关疾病（如脂肪肝、肝癌等）的机制研究提供重要数据支持。该检测在基础科研、药物开发和临床前研究中具有广泛应用价值。

检测项目

• 全基因组甲基化水平分析
• 启动子区域甲基化检测
• CpG岛甲基化状态评估
• 基因体甲基化分布图谱
• 差异甲基化区域(DMR)鉴定
• 甲基化位点单碱基分辨率分析
• 甲基化与基因表达相关性分析
• 转座子元件甲基化检测
• 印记基因甲基化状态分析
• 甲基化等位基因特异性分析
• 组织特异性甲基化标记筛选
• 年龄相关甲基化变化分析
• 环境因素影响甲基化评估
• 药物处理响应甲基化模式
• 疾病相关甲基化特征识别
• 甲基化与染色质状态关联分析
• 保守性甲基化区域比较
• 甲基化异质性评估
• 甲基化时钟分析
• 甲基化与SNP关联研究

检测范围

• 小鼠肝脏组织
• 原代肝细胞
• 肝星状细胞
• 肝窦内皮细胞
• Kupffer细胞
• 肝脏肿瘤组织
• 肝脏再生组织
• 肝脏纤维化组织
• 脂肪肝组织
• 肝炎模型组织
• 肝脏发育不同阶段
• 药物处理肝脏样本
• 辐射暴露肝脏样本
• 代谢异常肝脏样本
• 基因敲除肝脏样本
• 转基因小鼠肝脏
• 衰老模型肝脏
• 饮食干预肝脏
• 环境毒素暴露肝脏
• 异种移植肝脏肿瘤

检测方法

• 亚硫酸氢盐测序(BS-seq)：将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，保留甲基化胞嘧啶
• 简化代表性亚硫酸氢盐测序(RRBS)：针对富含CpG的区域进行高通量测序
• 全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)：在全基因组范围内进行单碱基分辨率甲基化检测
• 甲基化DNA免疫共沉淀测序(MeDIP-seq)：使用抗5-甲基胞嘧啶抗体富集甲基化DNA
• 甲基化敏感限制酶测序(MRE-seq)：利用甲基化敏感限制酶消化DNA后测序
• 氧化亚硫酸氢盐测序(oxBS-seq)：可区分5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶
• TET辅助吡啶硼烷测序(TAB-seq)：特异性检测5-羟甲基胞嘧啶
• 单细胞甲基化测序(scBS-seq)：在单细胞水平分析甲基化模式
• 靶向甲基化测序：针对特定基因组区域设计引物进行深度测序
• 甲基化特异性PCR(MSP)：快速检测特定CpG位点的甲基化状态
• 焦磷酸测序：定量分析短片段DNA序列的甲基化水平
• 甲基化芯片分析：使用高密度芯片检测预选CpG位点
• 纳米孔直接甲基化测序：通过纳米孔技术直接识别甲基化修饰
• 液相色谱-质谱联用(LC-MS)：定量测定基因组整体甲基化水平
• 甲基化敏感高分辨率熔解曲线分析(MS-HRM)：基于熔解曲线差异检测甲基化

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• Illumina HiSeq X Ten
• Illumina MiSeq
• Ion Torrent S5 XL
• PacBio Sequel II
• Oxford Nanopore PromethION
• Qubit Fluorometer
• Agilent 2100 Bioanalyzer
• Covaris S220
• Thermo Fisher Nanodrop
• Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR
• PyroMark Q96 MD
• Bioruptor Plus
• Eppendorf Centrifuge 5430R
• Thermo Scientific KingFisher Flex