人源肿瘤小鼠核苷酸切除测试

信息概要

人源肿瘤小鼠核苷酸切除测试是一种基于人源肿瘤异种移植模型（PDX）的高通量基因检测服务，旨在评估肿瘤细胞中核苷酸切除修复（NER）通路的功能状态及相关基因突变谱。该检测通过模拟人体肿瘤微环境，为临床前药物研发、个性化治疗策略制定及耐药机制研究提供关键数据支持。

检测的重要性体现在：NER通路缺陷与多种抗癌药物（如铂类化合物）的敏感性直接相关，精准评估该通路活性可优化化疗方案选择；同时，检测结果有助于揭示肿瘤基因组稳定性特征，为靶向治疗开发提供理论依据。

本服务涵盖基因组DNA提取、目标区域捕获测序、功能活性分析等全流程，检测报告包含突变位点注释、通路活性评分及临床关联性解读。

检测项目

• ERCC1基因表达量检测
• ERCC2/XPD基因突变分析
• ERCC3/XPB基因拷贝数变异
• ERCC4/XPF蛋白活性测定
• ERCC5/XPG酶动力学参数
• RPA1磷酸化水平检测
• XPA蛋白-DNA结合能力
• XPC基因启动子甲基化状态
• CSB/ERCC6剪切变异体鉴定
• UV诱导的环丁烷嘧啶二聚体清除率
• 全基因组NER效率评估
• 铂类药物IC50值与NER功能相关性
• 转录偶联修复(TC-NER)活性检测
• 全局基因组修复(GG-NER)效率分析
• ERCC1-ERCC4复合物形成检测
• TFIIH核心组分表达谱
• 错配修复基因MLH1/MSH2共突变分析
• 肿瘤突变负荷(TMB)与NER缺陷关联性
• 单核苷酸变异(SNV)特征谱分析
• 拷贝数变异(CNV)染色体分布图谱

检测范围

• 非小细胞肺癌PDX模型
• 结直肠癌PDX模型
• 三阴性乳腺癌PDX模型
• 卵巢癌PDX模型
• 胶质母细胞瘤PDX模型
• 胰腺导管腺癌PDX模型
• 肝细胞癌PDX模型
• 胃腺癌PDX模型
• 食管鳞癌PDX模型
• 头颈鳞癌PDX模型
• 膀胱尿路上皮癌PDX模型
• 前列腺癌PDX模型
• 肾透明细胞癌PDX模型
• 黑色素瘤PDX模型
• 骨肉瘤PDX模型
• 弥漫大B细胞淋巴瘤PDX模型
• 急性髓系白血病PDX模型
• 甲状腺未分化癌PDX模型
• 神经内分泌肿瘤PDX模型
• 肉瘤PDX模型

检测方法

• 全外显子组测序(WES)：采用杂交捕获技术检测编码区变异
• 定量PCR(qPCR)：测定NER通路关键基因表达水平
• 免疫共沉淀(Co-IP)：分析修复复合物组装状态
• 彗星试验(Comet Assay)：单细胞水平DNA损伤检测
• 染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)：定位修复因子结合位点
• 质谱流式细胞术(CyTOF)：单细胞蛋白组学分析
• 微滴式数字PCR(ddPCR)：低频突变绝对定量
• 免疫组织化学(IHC)：组织定位及蛋白表达半定量
• 酶联免疫吸附(ELISA)：可溶性修复因子检测
• Southern Blot：大片段基因组重排分析
• RNA-seq：全转录组表达谱分析
• 甲基化特异性PCR(MSP)：启动子区甲基化检测
• 染色体构象捕获(3C)：修复因子远程相互作用研究
• 流式细胞术(FACS)：细胞周期与DNA损伤响应分析
• 微核试验：基因组不稳定性评估

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000测序仪
• ABI QuantStudio 7 Flex实时PCR系统
• Agilent 2100生物分析仪
• Nanodrop One超微量分光光度计
• Qubit 4.0荧光定量仪
• Bio-Rad CFX96 Touch深孔板qPCR仪
• Beckman Coulter CytoFLEX流式细胞仪
• Fluidigm Helios质谱流式系统
• Bio-Rad QX200微滴式数字PCR系统
• PerkinElmer Operetta CLS高内涵成像系统
• Tecan Infinite M1000 PRO酶标仪
• Leica DMi8倒置荧光显微镜
• Thermo Fisher Orbitrap Fusion Lumos质谱仪
• Covaris M220聚焦超声破碎仪
• Oxford Nanopore GridION测序平台