人源肿瘤小鼠拓扑关联域检测

信息概要

人源肿瘤小鼠拓扑关联域检测是一种先进的基因组学研究服务，专注于分析人源肿瘤异种移植小鼠模型（PDX）中染色质三维结构的动态变化。该检测通过解析拓扑关联域（TADs）的边界、相互作用及调控机制，为肿瘤发生发展、药物靶点筛选及个性化治疗提供分子层面的理论依据。

该检测的重要性在于：揭示肿瘤特异性染色质空间构象与基因表达调控的关联，辅助识别致癌突变的功能性影响，并为开发表观遗传疗法提供数据支持。检测涵盖基因组学、表观遗传学及生物信息学多维度分析，确保结果的全面性和可靠性。

检测项目

• TAD边界定位与强度分析
• 染色质环状互作网络图谱构建
• 增强子-启动子相互作用频率检测
• 肿瘤特异性TAD变异筛查
• 保守性TAD结构比较分析
• 甲基化修饰与TAD边界关联性
• 组蛋白标记在TAD内的分布模式
• 基因簇空间共定位验证
• 结构变异导致的TAD重排评估
• 转录因子结合位点与TAD边界重叠率
• 肿瘤驱动基因的拓扑调控分析
• 化疗耐药相关TAD动态监测
• 跨物种TAD保守性比对
• 单细胞水平TAD异质性研究
• 三维基因组稳定性评估
• 染色质开放性与TAD功能相关性
• 肿瘤转移相关TAD特征挖掘
• 放疗敏感性相关的TAD标记筛选
• 免疫治疗响应预测模型构建
• 多组学数据整合分析

检测范围

• 人源肝癌PDX模型
• 人源肺癌PDX模型
• 人源乳腺癌PDX模型
• 人源结直肠癌PDX模型
• 人源胰腺癌PDX模型
• 人源卵巢癌PDX模型
• 人源前列腺癌PDX模型
• 人源胃癌PDX模型
• 人源胶质瘤PDX模型
• 人源黑色素瘤PDX模型
• 人源骨肉瘤PDX模型
• 人源肾癌PDX模型
• 人源膀胱癌PDX模型
• 人源甲状腺癌PDX模型
• 人源食管癌PDX模型
• 人源神经内分泌瘤PDX模型
• 人源肉瘤PDX模型
• 人源白血病PDX模型
• 人源多发性骨髓瘤PDX模型
• 人源头颈癌PDX模型

检测方法

• Hi-C技术：高通量染色质构象捕获
• ChIP-seq：组蛋白修饰及转录因子结合分析
• ATAC-seq：染色质可及性检测
• WGBS：全基因组甲基化测序
• RNA-seq：转录组关联分析
• 4C-seq：特定位点互作网络解析
• Capture Hi-C：靶向区域三维结构重建
• scHi-C：单细胞水平染色质构象研究
• HiChIP：整合蛋白结合与空间互作数据
• DNase-seq：超敏感核酸酶切割位点定位
• MNase-seq：核小体占据模式分析
• 3D-DNA FISH：空间构象荧光验证
• CUT&RUN：靶向表观遗传标记检测
• CUT&Tag：低细胞量表观基因组分析
• GAM：基因组结构显微切割技术

检测仪器

• Illumina NovaSeq 6000
• PacBio Sequel II
• Oxford Nanopore PromethION
• 10x Genomics Chromium
• Bionano Saphyr
• Agilent 4200 TapeStation
• Qubit 4.0 Fluorometer
• Covaris M220超声破碎仪
• Bio-Rad CFX96 qPCR仪
• Thermo Fisher QuantStudio 7
• Beckman Coulter CytoFLEX
• Zeiss LSM 880共聚焦显微镜
• Leica Thunder成像系统
• Nanopore GridION
• BD FACSAria III流式细胞仪